L'auditeur fiscal doit établir un rapport à l'issue de sa mission, précisant les travaux effectués, les anomalies constatées et les recommandations pour assurer la régularité de la comptabilité. Le rapport inclut également une synthèse des redressements comptables et des rectifications fiscales, avec des détails sur l'impact financier des anomalies et les montants des redressements. Enfin, il doit proposer une nouvelle base imposable et la charge fiscale résultante des redressements effectués.