Python RDKit化学信息库 3）分子操作与查询

分子不仅仅是静态的结构，在药物化学和虚拟筛选中，常常需要修改分子、提取子结构，或者检测分子是否含有某种特定官能团。
RDKit 的 Chem 模块提供了丰富的 API 用于 分子编辑 和 查询匹配。

3.1 分子克隆与拷贝

RDKit 中的分子对象是不可变的（immutable），如果要修改，需要使用 可编辑分子对象 RWMol。

from rdkit import Chem

mol = Chem.MolFromSmiles("CCO")
rw_mol = Chem.RWMol(mol)  # 转换为可编辑分子

3.2 原子与键的编辑

3.2.1 添加原子

from rdkit import Chem

rw_mol = Chem.RWMol(Chem.MolFromSmiles("CCO"))
new_atom = rw_mol.AddAtom(Chem.Atom(8))  # 添加一个氧原子 (O)
print("添加原子索引:", new_atom)

3.2.2 添加键

rw_mol.AddBond(2, new_atom, Chem.BondType.SINGLE)  # 在 O (idx=2) 与新 O 之间添加单键
mol_new = rw_mol.GetMol()
print(Chem.MolToSmiles(mol_new))

3.2.3 删除原子/键

rw_mol = Chem.RWMol(Chem.MolFromSmiles("CCO"))
rw_mol.RemoveAtom(2)  # 删除索引为 2 的原子
mol_new = rw_mol.GetMol()
print(Chem.MolToSmiles(mol_new))

rw_mol = Chem.RWMol(Chem.MolFromSmiles("CCO"))
rw_mol.RemoveBond(0, 1)  # 删除原子 0 和 1 之间的键
mol_new = rw_mol.GetMol()
print(Chem.MolToSmiles(mol_new))

3.3 子结构匹配（Substructure Search）

RDKit 支持 SMILES 子结构匹配 和 SMARTS 模式匹配。

3.3.1 基本子结构匹配

mol = Chem.MolFromSmiles("CCO")
query = Chem.MolFromSmiles("CO")  # 羟基乙基
matches = mol.GetSubstructMatches(query)
print("匹配结果:", matches)

输出：

匹配结果: ((1, 2),)

说明在 CCO 中，CO 匹配到了原子 (1,2)。

3.3.2 SMARTS 模式匹配

SMARTS 是 SMILES 的扩展，可以描述更复杂的子结构。

mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1O")  # 苯酚
smarts = Chem.MolFromSmarts("c-O")     # 芳香碳连接氧
matches = mol.GetSubstructMatches(smarts)
print("匹配结果:", matches)

输出：

匹配结果: ((0, 6),)

3.4 官能团检测

通过 SMARTS 可以检测特定官能团，例如：

• 羟基（-OH）：[OX2H]
• 羧基（-COOH）：C(=O)[OH]
• 胺基（-NH2）：[NX3;H2]

mol = Chem.MolFromSmiles("CC(=O)O")  # 乙酸
carboxy = Chem.MolFromSmarts("C(=O)[OH]")

if mol.HasSubstructMatch(carboxy):
    print("分子中含有羧基")

3.5 分子替换（子结构替换）

RDKit 可以替换分子中的子结构，这在分子库改造和化合物优化中非常常用。

mol = Chem.MolFromSmiles("CCO")
query = Chem.MolFromSmiles("O")
replace = Chem.MolFromSmiles("Cl")

new_mol = Chem.ReplaceSubstructs(mol, query, replace)[0]
print(Chem.MolToSmiles(new_mol))

输出：

CCCl

小贴士

1. 不可变分子与 RWMol：普通 Mol 不能直接修改，必须转换成 RWMol 进行编辑。
2. SMARTS 比 SMILES 更强大：熟悉 SMARTS 能让你快速检测官能团，比如 [OX2H] 表示羟基。
3. 子结构匹配结果是原子索引：可用于后续高亮显示或修改分子。
4. ReplaceSubstructs 非常适合做分子改造，比如虚拟药物库的生成。

练习

1. 写一个函数，输入 SMILES 和一个 SMARTS 模式，输出分子是否包含该子结构。

   • 测试：苯酚 (c1ccccc1O) 是否包含芳香碳-氧键 (c-O)？

2. 用 RDKit 将乙醇 (CCO) 的 -OH 替换成 -Cl，并输出新分子的 SMILES。

3. 检测以下分子中是否含有羧基（-COOH）：

   • 乙酸 (CC(=O)O)
   • 苯甲酸 (c1ccccc1C(=O)O)
   • 乙醇 (CCO)

4. 编写一个小程序，对分子库（SDF 文件）批量检测是否含有 芳香环，并输出含有芳香环的分子数量。