生物分子仿真软件： Desmond_（4）.Desmond中的分子结构准备

最新推荐文章于 2025-03-31 05:40:02 发布
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分类专栏： 分子动力学仿真 文章标签： 仿真模拟 模拟仿真 分子动力学
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Desmond中的分子结构准备

在Desmond中准备分子结构是进行生物分子仿真前的关键步骤。分子结构的准确性和完整性直接影响到仿真的可靠性和准确性。本节将详细介绍如何使用Desmond中的工具和脚本准备分子结构，包括结构的导入、清洗、参数化和系统的构建。

在这里插入图片描述

1. 导入分子结构

在Desmond中，可以导入多种格式的分子结构文件，如PDB、MAE、SDF等。这些文件通常包含蛋白质、核酸、小分子等生物分子的原子坐标和连接信息。

1.1 使用Maestro界面导入PDB文件

Desmond通常与Maestro界面结合使用，Maestro是一个强大的分子建模和仿真平台。以下是通过M

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