生物分子仿真软件：GROMACS_（9）.高级特性：自由能计算

高级特性：自由能计算

自由能计算的基本概念

自由能计算是分子动力学模拟中的一项重要技术，用于评估生物分子系统在不同构象或状态下的相对稳定性。自由能是一个热力学函数，给出了系统从一个状态转换到另一个状态所需的能量。在生物分子仿真中，自由能计算可以用于研究蛋白质-配体结合、溶剂化能、构象变化等过程。

自由能计算的方法主要有以下几种：

1. 热力学积分（Thermodynamic Integration, TI）：通过在两个状态之间进行连续的转换，计算系统的平均能量变化。

2. 自由能扰动（Free Energy Perturbation, FEP）：通过扰动系统的哈密顿量，直接计算两个状态之间的自由能差。

3. 伞形采样（Umbrella Sampling, US）：通过在反应坐标上施加约束力，确保系统在各个区域都能充分采样。

4. 加权直方图分析方法（Weighted Histogram Analysis Method, WHAM）：用于分析伞形采样数据，合并各个窗口的数据以获得全局自由能图。

热力学积分（TI）原理和应用

原理

热力学积分是一种计算自由能的方法，通过在两个状态之间进行连续的转换，计算系统的平均能量变化。假设我们有两个状态A和B，可以通