纳米尺度仿真软件：GROMACS_（3）.分子动力学模拟原理

最新推荐文章于 2025-03-27 06:25:51 发布
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分类专栏： 多体动力学仿真 文章标签： 模拟仿真 仿真模拟 性能优化 分子动力学
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分子动力学模拟原理

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是一种计算方法，用于研究原子和分子体系在不同条件下的行为。通过数值积分牛顿运动方程，MD 模拟可以追踪粒子在时间上的位置和速度变化，从而提供关于体系动力学行为的详细信息。在纳米尺度仿真软件中，MD 模拟是核心功能之一，广泛应用于化学、生物学、材料科学等领域。

1. 牛顿运动方程

牛顿运动方程是 MD 模拟的基础，它描述了粒子在力的作用下的运动。对于一个包含 NNN 个粒子的体系，第 iii</

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多尺度仿真软件：MCell_（5）.分子动力学仿真基础
kkchenjj的博客
07-01 959
分子动力学仿真是一种强大的计算工具，可以用于研究原子和分子系统在不同条件下的动力学行为。通过选择合适的力场、优化计算方法和控制仿真条件，可以提高仿真的效率和准确性。随着计算技术的进步和力场参数的不断改进，MD仿真将在更多的领域发挥重要作用。
分子动力学模拟(MD)
AI工程化、开源分享、文档翻译、代码笔记
06-26 5533
一、分子动力学模拟(MD) MD模拟的统计力学基础 分子内和分子间相互作用 分子间相互作用模型 MD模拟的积分算法 二、分子力场类型 GAFF AMBER CVFF OPLS MMFF UFF Dreiding PCFF CFF CFF91 CFF93 ClayFF GROMOS-53A5 and 53A6 CHARMM CGenFF 三、分子动力学模拟软件 LAMMPS GROMACS AMBER Moltemplate OpenMM Tinker CHARMM
分子动力学LAMMPS仿真
m0_58588820的博客
06-15 3544
分子动力学lammps在windows系统下的运行
多尺度仿真软件：LAMMPS_（5）.分子动力学模拟基础理论
kkchenjj的博客
03-03 1051
定义体系包括确定模拟的粒子数、模拟箱的大小和形状、初始位置和速度等。例如，可以定义一个包含1000个氩原子的立方模拟箱。# 定义体系参数box_length = 10.0 # 立方模拟箱的边长mass = 39.948 # 氩原子的质量temperature = 300.0 # 初始温度# 生成初始位置# 随机分布# 生成初始速度boltzmann_constant = 1.380649e-23 # 玻尔兹曼常数。
多尺度仿真软件：GROMACS_（7）.运行分子动力学模拟
kkchenjj的博客
03-02 973
通过以上步骤，您可以成功运行一个蛋白质水合层的分子动力学模拟，并对结果进行基本分析。GROMACS 提供了丰富的命令和工具，可以根据具体需求进行更详细的模拟和分析。在多尺度仿真软件领域，GROMACS 是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。本节将详细介绍如何使用 GROMACS 运行分子动力学模拟，包括准备输入文件、设置模拟参数、运行模拟以及分析结果。拓扑文件描述了分子系统的结构和性质，包括原子类型、键、角度、二面角和非键相互作用等。控制文件包含了模拟参数，如温度、压强、模拟时间步长等。
纳米尺度仿真软件：GROMACS_（1）.GROMACS基础理论与概念
kkchenjj的博客
03-26 999
定义分子的类型和名称。
纳米尺度仿真软件：GROMACS_（12）.多尺度模拟方法
最新发布
kkchenjj的博客
03-27 725
首先，需要定义系统中哪些部分使用量子力学描述，哪些部分使用分子力学描述。这通常通过编辑拓扑文件来实现。# 生成QM/MM拓扑文件 gmx qmmm -f enzyme.pdb -o enzyme_qmmm.top -p enzyme.top多尺度模拟方法在纳米尺度仿真软件中具有重要意义，通过结合粗粒化模拟和QM/MM模拟，可以更全面地理解和预测材料和分子系统的性质。GROMACS提供了强大的工具和灵活的设置，使得这些复杂的模拟变得更加可行和高效。
纳米尺度仿真软件：GROMACS_（10）.模拟轨迹分析与可视化
kkchenjj的博客
03-27 777
trr: 二进制轨迹文件，包含所有原子的坐标、速度、受力等信息。.xtc: 二进制轨迹文件，只包含坐标信息，文件体积较小，适合长时间模拟。.gro: 文本轨迹文件，包含单帧的坐标信息，适合快速查看和调试。在 GROMACS 中，轨迹文件的分析和可视化是理解分子动力学模拟结果的重要步骤。通过使用gmx trajgmx rmsgmx ganglegmx gyrate等工具，可以对轨迹文件进行多种分析。此外，结合 VMD 和 PyMOL 这样的可视化工具，可以更直观地观察分子的动态变化。
纳米尺度仿真软件：GROMACS_（2）.GROMACS安装与配置
kkchenjj的博客
03-26 1165
通过以上步骤，您应该能够在不同操作系统上成功安装和配置 GROMACS，并进行基本的分子动力学仿真。如果您需要更高级的功能或优化性能，可以参考 GROMACS 的官方文档和社区支持。希望本节内容对您的研究和开发工作有所帮助。
Phonopy分子动力学仿真软件的全面介绍与实践
weixin_31176789的博客
09-10 2081
本文还有配套的精品资源，点击获取 简介：Phonopy是一款开源软件，广泛应用于分子动力学仿真，特别是在材料科学领域。它通过计算固体的声子谱，帮助研究人员理解材料的热性能和稳定性。该软件的核心功能包括结构优化、声子谱计算、热容和热导率分析、相变研究、超晶格和异质结构模拟、非谐效应考虑以及并行计算支持。Phonopy还与主流的DFT代码兼容，方便用户进行后续处理。压缩包包含了...
生物分子仿真软件：GROMACS_（9）.高级特性：自由能计算
kkchenjj的博客
03-19 787
自由能计算是分子动力学模拟中的一项重要技术，用于评估生物分子系统在不同构象或状态下的相对稳定性。主要的自由能计算方法包括热力学积分（TI）、自由能扰动（FEP）和伞形采样（US）。每种方法都有其特定的原理和应用，选择合适的方法取决于研究的具体问题和系统的特点。热力学积分（TI）适用于计算两个状态之间的自由能差，通过在两个状态之间进行连续的转换，计算系统的平均能量变化。在蛋白质-配体结合自由能计算中非常有用。自由能扰动（FEP）通过扰动系统的哈密顿量，直接计算两个状态之间的自由能差。
跟我学AI建模：分子动力学仿真模拟之DeepMD-kit框架
华为云官方博客
08-05 3598
摘要：分子动力学仿真模拟的重点就在于如何建立模型描述分子间的相互作用。
分子动力学模拟的理论与实战-阅读笔记
chuchu1994的博客
08-10 4948
利用前差分公式，只需要知道处置y0,再计算f0=f(y0，t0)，就可以计算y1和f1，依次计算y2,y3，，，最后得到任意时间的yn。方阱势能函数特点：（1）不连续（2）距离＞R，无相互作用力（3）距离＜R，收到巨大的吸引力，体系势能降到-E（4）分子距离小于r，分子发生弹性碰撞不能继续靠近。四种相互作用力：万有引力，强核力，弱核力，电磁力。（2）确定运动方程组的初始条件，即初始时刻的原子坐标和速度，对于任何分子体系，只要确定了体系的初始条件和运动方程，体系随时间的演化就被确定。
分子动力学模拟方法-从入门到发文章 之 背景介绍
hdpai2018的博客
06-09 3637
盆友们，“21世纪的科学已经不再是实验与理论平分秋色，而是实验、模拟、理论三分天下，模拟是联系理论与实验的纽带，在解释实验现象，预测理论结果中起着关键作用，对于研究分子的学科，无论从事哪个领域的研究，理解并实践分子模拟都够增强你对新问题的分析力和洞察力 分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效，更经济，更有预见性的方向发展，因此，分子动力学模拟在生物，药学，化学，材料科学的研究中发挥着越来越重要的作
分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
weixin_39653311的博客
12-10 1622
Acellera软件包括HTMD、ACEMD、AceCloud、Parameterize、AceFlow和ACEMD3模块。ACEMD简介ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包，该软件对NVIDIA GPU作了专门的优化。在单工作站上，ACEMD已经达到现有分子动力学模拟引擎的效能上限，是已知最快的生物分子动力学模拟软件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Marti...
分子动力学仿真软件：CHARMM_（6）.分子动力学模拟的设置与运行
kkchenjj的博客
03-08 1149
使用PDB文件或其他结构文件定义分子的初始结构。
Gromacs软件进行蛋白-配体体系MD模拟
基博的博客
05-02 2738
学习gromacs进行模拟。教程也不一定都是对的。比如里面的水分子限制也没用到。MD很多算法，模型都不是我这个混子很看懂。只能大概知道怎么做，勉强做的知其然
Gromacs模拟对接后的蛋白质和小分子
qq_39744154的博客
07-06 3949
这里我们需要去修改力场的 ，因为小分子的原子类型是不包括在本身的力场中的，我们需要对力场的原子类型进行更改,找到生成protein的力场问题重新复制一份，将小分子itp文件中的 atomtype 下的原子类型复制到 力场文件中 ffnonbonded.itp 中的atomtype下，并删除小分子itp文件中的 atomtype。将protein.gro的文件先复制进去，然后在protein.gro的倒数第二行后，将ligand.gro复制进去，并把小分子的top包括protein.top中。
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