药物对接仿真软件：Rosetta_（3）.计算机辅助药物设计基础

最新推荐文章于 2025-07-15 06:23:41 发布
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分类专栏： 化工仿真模拟 文章标签： 化工仿真
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计算机辅助药物设计基础

计算机辅助药物设计的定义和重要性

计算机辅助药物设计（Computer-Aided Drug Design, CADD）是一种利用计算机技术和计算方法来加速药物发现和优化过程的科学方法。CADD 通过模拟和预测药物分子与靶标蛋白的相互作用，帮助研究人员快速筛选潜在的药物候选分子，优化其结构，提高药物的活性和选择性。在药物开发过程中，CADD 可以显著减少实验成本和时间，提高药物设计的效率和成功率。

计算机辅助药物设计的主要应用

  1. 虚拟筛选：通过大规模的分子对接和虚拟筛选，从庞大的化合物库中快速找到潜在的活性分子。

  2. 分子优化：通过计算方法优化已有的活性分子，提高其药效、选择性和药代动力学性质。

  3. 药物设计：设计全新的分子结构，以满足特定的药理要求。

  4. 药效团模型：确定分子活性的关键特征，指导药物设计和优化。

  5. ADMET 预测：预测药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性，评估其成药性。

计算机辅助药物设计的常用方法

  1. 分子对接：模拟药物分子与靶标蛋白的结合模式，评估其结合能和亲和力。

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药物对接仿真软件：Rosetta_（16）.Rosetta与其他药物设计软件的对比
kkchenjj的博客
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Rosetta和CADD工具各有其优势和适用场景。CADD工具如MOE和Schrodinger在药物设计的早期阶段，如靶标识别和虚拟筛选中表现出色，适合初学者和非专业用户使用。而Rosetta在处理复杂的生物系统和蛋白质-配体相互作用时具有更高的准确性和灵活性，适合高级用户和研究人员进行深入研究。选择合适的工具应根据具体的研究需求和可用的计算资源来决定。Rosetta与开源药物设计软件如AutoDockDOCK和OpenEye的某些模块相比，具有更高的准确性和更强大的柔性对接能力。
药物对接仿真软件：Rosetta_（12）.如何构建和准备蛋白模型
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在药物对接仿真软件中，蛋白模型的构建和准备是一个至关重要的步骤。准确的蛋白模型不仅可以提高对接结果的可靠性，还可以为后续的分子动力学模拟和结合能计算提供基础。本节将详细介绍如何使用Rosetta软件构建和准备蛋白模型，包括蛋白结构的获取、模型的构建、模型的优化以及常见问题的解决方法。
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07-15 366
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(base) liu_wd@structure4:/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/rosetta.binary.linux.release-371/main/inputs-LZL$ #!/bin/bash ROSETTA_PATH="/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/rosetta.binary.linux.release-371" g++ -O3 -std=c++11 mutation_scan.cpp \ -I $ROSETTA_PATH/main/source/src \ -I $ROSETTA_PATH/main/source/external/include \ -I $ROSETTA_PATH/external/include \ -L $ROSETTA_PATH/main/source/build/src/release/linux/5.14/64/x86/gcc/11/default/ \ -Wl,-rpath,$ROSETTA_PATH/main/source/build/src/release/linux/5.14/64/x86/gcc/11/default/ \ -lcore -lprotocols -lbasic -lutility -lchemical -lobjexxfcl -lz \ -lboost_system -lboost_thread -lpthread \ -o mutation_scan mutation_scan.cpp:17:10: fatal error: core/init.hh: No such file or directory 17 | #include <core/init.hh> | ^~~~~~~~~~~~~~ compilation terminated.
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#### 步骤3：检查环境变量（备选） 如果使用环境变量配置，确保在终端中设置： ```bash export ROSETTA=/media/stor4/prog/Rosetta/rosetta_bin_linux_3.14_bundle/main ``` 并在CMakeLists.txt中引用： ```cmake ...
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