多尺度仿真软件：Copasi_（25）.综合实践课程

原创 于 2025-08-25 06:29:53 发布 · 619 阅读 · 15 ·
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#多尺度仿真

综合实践课程

Copasi二次开发概述

在前一节中，我们已经介绍了Copasi的基本功能和使用方法。接下来，我们将深入探讨如何通过二次开发进一步扩展和优化Copasi的功能。二次开发是指在现有软件的基础上，通过编写自定义的代码或脚本，实现新的功能或改进现有功能的过程。对于Copasi这样的多尺度仿真软件，二次开发可以极大地提升其在复杂生物系统建模和仿真中的应用能力。

1. 使用Python进行Copasi二次开发

Python是一种广泛使用的高级编程语言，具有丰富的库和工具，非常适合进行科学计算和数据处理。Copasi提供了Python API，允许用户通过Python脚本与Copasi进行交互，实现复杂的数据分析和建模任务。

1.1 安装和配置

首先，确保您的系统中已经安装了Python。推荐使用Python 3.6或更高版本。接下来，安装Copasi的Python API。您可以从Copasi的官方网站下载最新的Python API包，并按照以下步骤进行安装：

  1. 下载Copasi Python API包。

  2. 解压下载的文件。

  3. 打开命令行或终端，导航到解压后的文件夹。

  4. 运行安装命令：

    
python setup.py install
1.2 创建Copasi模型

通过Python API，您可以创建和修改Copasi模型。以下是一个简单的示例，展示如何创建一个包含两个反应的简单生物化学模型：


# 导入Copasi Python API

import COPASI



# 创建一个新的Copasi数据模型

data_model = COPASI.CRootContainer.addDatamodel()



# 创建一个模型对象

model = data_model.getModel()



# 添加代谢物

metabolite1 = model.createMetabolite("A", "compartment1")

metabolite1.setInitialConcentration(10.0)



metabolite2 = model.createMetabolite("B", "compartment1")

metabolite2.setInitialConcentration(0.0)



# 添加反应

reaction1 = model.createReaction("Reaction1", True)

reaction1.setReversible(False)

reaction1.addSubstrate(metabolite1, 1.0)

reaction1.addProduct(metabolite2, 1.0)

reaction1.setKinetics("mass action", [1.0])



reaction2 = model.createReaction("Reaction2", True)

reaction2.setReversible(False)

reaction2.addSubstrate(metabolite2, 1.0)

reaction2.setKinetics("mass action", [0.1])



# 保存模型

data_model.saveModel("simple_model.cps", True)
1.3 运行仿真

创建模型后，您可以使用Python API运行仿真并分析结果。以下是一个示例，展示如何运行时间进程仿真并绘制结果：


# 导入必要的库

import COPASI

import matplotlib.pyplot as plt

import numpy as np



# 加载模型

data_model = COPASI.CRootContainer.addDatamodel()

data_model.loadModel("simple_model.cps")



# 获取模型对象

model = data_model.getModel()



# 创建时间进程任务

task_time_course = data_model.getTask("Time Course")

assert isinstance(task_time_course, COPASI.CTaskTimeCourse)



# 配置时间进程任务

problem_time_course = task_time_course.getProblem()

assert isinstance(problem_time_course, COPASI.CProblemTimeCourse)

problem_time_course.setStepNumber(1000)

problem_time_course.setStepSize(0.1)

problem_time_course.setDuration(100.0)



# 运行时间进程任务

task_time_course.initialize(True)

task_time_course.process(True)



# 获取仿真结果

output = task_time_course.getOutput()

assert isinstance(output, COPASI.COutputAssistant)



# 解析仿真结果

result = output.getItem(0).get().getValidatedData()

time = result[0, 1:]

A_conc = result[1, 1:]

B_conc = result[2, 1:]



# 绘制结果

plt.figure()

plt.plot(time, A_conc, label='A')

plt.plot(time, B_conc, label='B')

plt.xlabel('Time')

plt.ylabel('Concentration')

plt.legend()

plt.show()

2. 使用C++进行Copasi二次开发

C++是一种强大的编程语言，适用于开发高性能的应用程序。Copasi提供了C++ API，允许用户通过编写C++代码与Copasi进行交互。以下是一个简单的示例，展示如何使用C++ API创建一个包含两个反应的简单生物化学模型。

2.1 安装和配置

确保您的系统中已经安装了C++编译器（如GCC或Clang）。接下来，安装Copasi的C++ API。您可以从Copasi的官方网站下载最新的C++ API包，并按照以下步骤进行安装：

  1. 下载Copasi C++ API包。

  2. 解压下载的文件。

  3. 打开命令行或终端，导航到解压后的文件夹。

  4. 配置和编译API：

    
mkdir build

cd build

cmake ..

make
2.2 创建Copasi模型

以下是一个C++示例，展示如何创建一个包含两个反应的简单生物化学模型：


#include <copasi/Copasi.h>



int main() {

    // 创建一个新的Copasi数据模型

    CCopasiDataModel* pDataModel = CCopasiDataModel::Global::createNewDatamodel();



    // 创建一个模型对象

    CModel* pModel = pDataModel->getModel();



    // 添加代谢物

    CCompartment* compartment1 = pModel->createCompartment("compartment1", 1.0);

    CMetab* metabolite1 = pModel->createMetabolite("A", *compartment1);

    metabolite1->setInitialConcentration(10.0);



    CMetab* metabolite2 = pModel->createMetabolite("B", *compartment1);

    metabolite2->setInitialConcentration(0.0);



    // 添加反应

    CReaction* reaction1 = pModel->createReaction("Reaction1", *compartment1, false);

    reaction1->addSubstrate(metabolite1, 1.0);

    reaction1->addProduct(metabolite2, 1.0);

    reaction1->setKineticLaw("mass action", {1.0});



    CReaction* reaction2 = pModel->createReaction("Reaction2", *compartment1, false);

    reaction2->addSubstrate(metabolite2, 1.0);

    reaction2->setKineticLaw("mass action", {0.1});



    // 保存模型

    pDataModel->saveModel("simple_model.cps", true);



    return 0;

}
2.3 运行仿真

创建模型后，您可以使用C++ API运行仿真并分析结果。以下是一个示例，展示如何运行时间进程仿真并绘制结果：


#include <copasi/Copasi.h>

#include <iostream>

#include <vector>

#include <string>

#include <cmath>

#include <fstream>

#include <iomanip>



// 用于绘制结果的函数

void plotResults(const std::vector<double>& time, const std::vector<double>& A_conc, const std::vector<double>& B_conc) {

    std::ofstream file("results.txt");

    for (size_t i = 0; i < time.size(); ++i) {

        file << std::fixed << std::setprecision(6) << time[i] << " " << A_conc[i] << " " << B_conc[i] << "\n";

    }

    file.close();

}



int main() {

    // 加载模型

    CCopasiDataModel* pDataModel = CCopasiDataModel::Global::createNewDatamodel();

    pDataModel->loadModel("simple_model.cps");



    // 获取模型对象

    CModel* pModel = pDataModel->getModel();



    // 创建时间进程任务

    CTaskTimeCourse* pTaskTimeCourse = dynamic_cast<CTaskTimeCourse*>(pDataModel->getTask(0));

    if (!pTaskTimeCourse) {

        std::cerr << "Failed to get time course task." << std::endl;

        return 1;

    }



    // 配置时间进程任务

    CProblemTimeCourse* pProblemTimeCourse = dynamic_cast<CProblemTimeCourse*>(pTaskTimeCourse->getProblem());

    if (!pProblemTimeCourse) {

        std::cerr << "Failed to get time course problem." << std::endl;

        return 1;

    }



    pProblemTimeCourse->setStepNumber(1000);

    pProblemTimeCourse->setStepSize(0.1);

    pProblemTimeCourse->setDuration(100.0);



    // 运行时间进程任务

    if (!pTaskTimeCourse->initialize(false)) {

        std::cerr << "Failed to initialize time course task." << std::endl;

        return 1;

    }



    if (!pTaskTimeCourse->process(false)) {

        std::cerr << "Failed to process time course task." << std::endl;

        return 1;

    }



    // 获取仿真结果

    const COutput* pOutput = pTaskTimeCourse->getOutput();

    if (!pOutput) {

        std::cerr << "Failed to get time course output." << std::endl;

        return 1;

    }



    const CMatrix<C_FLOAT64>* pResult = pOutput->getValidatedData();

    if (!pResult) {

        std::cerr << "Failed to get time course result data." << std::endl;

        return 1;

    }



    // 解析仿真结果

    std::vector<double> time(pResult->getNumCols() - 1);

    std::vector<double> A_conc(pResult->getNumCols() - 1);

    std::vector<double> B_conc(pResult->getNumCols() - 1);



    for (size_t i = 1; i < pResult->getNumCols(); ++i) {

        time[i - 1] = (*pResult)(0, i);

        A_conc[i - 1] = (*pResult)(1, i);

        B_conc[i - 1] = (*pResult)(2, i);

    }



    // 绘制结果

    plotResults(time, A_conc, B_conc);



    return 0;

}

3. 使用MATLAB进行Copasi二次开发

MATLAB 是一种广泛使用的数值计算和数据分析工具，非常适合进行生物化学模型的仿真和分析。Copasi 提供了 MATLAB API，允许用户通过 MATLAB 脚本与 Copasi 进行交互。

3.1 安装和配置

确保您的系统中已经安装了 MATLAB。接下来，安装 Copasi 的 MATLAB API。您可以从 Copasi 的官方网站下载最新的 MATLAB API 包，并按照以下步骤进行安装：

  1. 下载 Copasi MATLAB API 包。

  2. 解压下载的文件。

  3. 将解压后的文件夹添加到 MATLAB 的路径中：

    
addpath('path_to_copasi_api');
3.2 创建Copasi模型

以下是一个 MATLAB 示例，展示如何创建一个包含两个反应的简单生物化学模型：


% 创建一个新的 Copasi 数据模型

dataModel = copasi.newDataModel();



% 创建一个模型对象

model = dataModel.getModel();



% 添加代谢物

compartment1 = model.createCompartment('compartment1', 1.0);

metabolite1 = model.createMetabolite('A', compartment1);

metabolite1.setInitialConcentration(10.0);



metabolite2 = model.createMetabolite('B', compartment1);

metabolite2.setInitialConcentration(0.0);



% 添加反应

reaction1 = model.createReaction('Reaction1', false);

reaction1.addSubstrate(metabolite1, 1.0);

reaction1.addProduct(metabolite2, 1.0);

reaction1.setKineticLaw('mass action', [1.0]);



reaction2 = model.createReaction('Reaction2', false);

reaction2.addSubstrate(metabolite2, 1.0);

reaction2.setKineticLaw('mass action', [0.1]);



% 保存模型

dataModel.saveModel('simple_model.cps', true);
3.3 运行仿真

创建模型后，您可以使用 MATLAB API 运行仿真并分析结果。以下是一个示例，展示如何运行时间进程仿真并绘制结果：


% 加载模型

dataModel = copasi.newDataModel();

dataModel.loadModel('simple_model.cps');



% 获取模型对象

model = dataModel.getModel();



% 创建时间进程任务

taskTimeCourse = dataModel.getTask('Time Course');



% 配置时间进程任务

problemTimeCourse = taskTimeCourse.getProblem();

problemTimeCourse.setStepNumber(1000);

problemTimeCourse.setStepSize(0.1);

problemTimeCourse.setDuration(100.0);



% 运行时间进程任务

if ~taskTimeCourse.initialize(true)

    error('Failed to initialize time course task.');

end



if ~taskTimeCourse.process(true)

    error('Failed to process time course task.');

end



% 获取仿真结果

output = taskTimeCourse.getOutput();

result = output.getItem(0).get().getValidatedData();



% 解析仿真结果

time = result(2:end, 1);

A_conc = result(2:end, 2);

B_conc = result(2:end, 3);



% 绘制结果

figure;

plot(time, A_conc, '-o', 'DisplayName', 'A');

hold on;

plot(time, B_conc, '-x', 'DisplayName', 'B');

xlabel('Time');

ylabel('Concentration');

legend show;

4. 使用R进行Copasi二次开发

R 是一种广泛用于统计分析和图形生成的编程语言，非常适合处理仿真数据。Copasi 提供了 R API，允许用户通过 R 脚本与 Copasi 进行交互。

4.1 安装和配置

确保您的系统中已经安装了 R。接下来，安装 Copasi 的 R API。您可以从 Copasi 的官方网站下载最新的 R API 包，并按照以下步骤进行安装：

  1. 下载 Copasi R API 包。

  2. 解压下载的文件。

  3. 使用以下命令安装 R 包：

    
install.packages('path_to_copasi_api.tar.gz', repos=NULL, type='source')
4.2 创建Copasi模型

以下是一个 R 示例，展示如何创建一个包含两个反应的简单生物化学模型：


# 加载 Copasi R API

library(copasi)



# 创建一个新的 Copasi 数据模型

dataModel <- newDataModel()



# 创建一个模型对象

model <- dataModel$model



# 添加代谢物

compartment1 <- model$createCompartment("compartment1", 1.0)

metabolite1 <- model$createMetabolite("A", compartment1)

metabolite1$setInitialConcentration(10.0)



metabolite2 <- model$createMetabolite("B", compartment1)

metabolite2$setInitialConcentration(0.0)



# 添加反应

reaction1 <- model$createReaction("Reaction1", FALSE)

reaction1$addSubstrate(metabolite1, 1.0)

reaction1$addProduct(metabolite2, 1.0)

reaction1$setKineticLaw("mass action", c(1.0))



reaction2 <- model$createReaction("Reaction2", FALSE)

reaction2$addSubstrate(metabolite2, 1.0)

reaction2$setKineticLaw("mass action", c(0.1))



# 保存模型

dataModel$saveModel("simple_model.cps", TRUE)
4.3 运行仿真

创建模型后，您可以使用 R API 运行仿真并分析结果。以下是一个示例，展示如何运行时间进程仿真并绘制结果：


# 加载 Copasi R API

library(copasi)



# 加载模型

dataModel <- newDataModel()

dataModel$loadModel("simple_model.cps")



# 获取模型对象

model <- dataModel$model



# 创建时间进程任务

taskTimeCourse <- dataModel$getTimeCourseTask()



# 配置时间进程任务

problemTimeCourse <- taskTimeCourse$problem

problemTimeCourse$setStepNumber(1000)

problemTimeCourse$setStepSize(0.1)

problemTimeCourse$setDuration(100.0)



# 运行时间进程任务

if (!taskTimeCourse$initialize(TRUE)) {

    stop("Failed to initialize time course task.")

}



if (!taskTimeCourse$process(TRUE)) {

    stop("Failed to process time course task.")

}



# 获取仿真结果

output <- taskTimeCourse$output

result <- output$getItem(0)$get$validatedData



# 解析仿真结果

time <- result[2:nrow(result), 1]

A_conc <- result[2:nrow(result), 2]

B_conc <- result[2:nrow(result), 3]



# 绘制结果

plot(time, A_conc, type = "o", pch = 1, col = "blue", xlab = "Time", ylab = "Concentration", main = "Time Course Simulation")

lines(time, B_conc, type = "o", pch = 2, col = "red")

legend("topright", c("A", "B"), pch = c(1, 2), col = c("blue", "red"))

5. 使用Java进行Copasi二次开发

Java 是一种广泛使用的编程语言，适用于开发跨平台的应用程序。Copasi 提供了 Java API，允许用户通过编写 Java 代码与 Copasi 进行交互。通过使用 Java API，您可以创建、修改模型，运行仿真，并分析仿真结果。

5.1 安装和配置

确保您的系统中已经安装了 Java 开发工具包（JDK）。接下来，安装 Copasi 的 Java API。您可以从 Copasi 的官方网站下载最新的 Java API 包，并按照以下步骤进行安装：

  1. 下载 Copasi Java API 包。

  2. 解压下载的文件。

  3. 将解压后的 JAR 文件添加到您的项目中。如果您使用的是 IDE（如 IntelliJ IDEA 或 Eclipse），可以通过项目设置将 JAR 文件添加到项目的类路径中。

5.2 创建Copasi模型

以下是一个 Java 示例，展示如何创建一个包含两个反应的简单生物化学模型：


import org.copasi.Copasi;

import org.copasi.CopasiDataModel;

import org.copasi.CopasiModel;

import org.copasi.CopasiCompartment;

import org.copasi.CopasiMetab;

import org.copasi.CopasiReaction;

import org.copasi.CopasiVector;



public class CreateModel {

    public static void main(String[] args) {

        // 创建一个新的 Copasi 数据模型

        CopasiDataModel dataModel = new CopasiDataModel();



        // 创建一个模型对象

        CopasiModel model = dataModel.createModel("Simple Model");



        // 添加代谢物

        CopasiCompartment compartment1 = model.createCompartment("compartment1", 1.0);

        CopasiMetab metabolite1 = model.createMetabolite("A", compartment1);

        metabolite1.setInitialConcentration(10.0);



        CopasiMetab metabolite2 = model.createMetabolite("B", compartment1);

        metabolite2.setInitialConcentration(0.0);



        // 添加反应

        CopasiReaction reaction1 = model.createReaction("Reaction1", false);

        reaction1.addSubstrate(metabolite1, 1.0);

        reaction1.addProduct(metabolite2, 1.0);

        reaction1.setKineticLaw("mass action", new double[]{1.0});



        CopasiReaction reaction2 = model.createReaction("Reaction2", false);

        reaction2.addSubstrate(metabolite2, 1.0);

        reaction2.setKineticLaw("mass action", new double[]{0.1});



        // 保存模型

        dataModel.saveModel("simple_model.cps", true);

    }

}
5.3 运行仿真

创建模型后，您可以使用 Java API 运行仿真并分析结果。以下是一个示例，展示如何运行时间进程仿真并绘制结果：


import org.copasi.Copasi;

import org.copasi.CopasiDataModel;

import org.copasi.CopasiModel;

import org.copasi.CopasiTask;

import org.copasi.CopasiProblem;

import org.copasi.CopasiReport;

import org.copasi.CopasiTaskTimeCourse;

import org.copasi.CopasiProblemTimeCourse;

import org.copasi.CopasiOutput;

import org.copasi.CopasiMatrix;



import java.io.FileWriter;

import java.io.IOException;



public class RunSimulation {

    public static void main(String[] args) {

        // 加载模型

        CopasiDataModel dataModel = new CopasiDataModel();

        dataModel.loadModel("simple_model.cps");



        // 获取模型对象

        CopasiModel model = dataModel.getModel();



        // 创建时间进程任务

        CopasiTaskTimeCourse taskTimeCourse = (CopasiTaskTimeCourse) dataModel.getTaskList().get(0);



        // 配置时间进程任务

        CopasiProblemTimeCourse problemTimeCourse = (CopasiProblemTimeCourse) taskTimeCourse.getProblem();

        problemTimeCourse.setStepNumber(1000);

        problemTimeCourse.setStepSize(0.1);

        problemTimeCourse.setDuration(100.0);



        // 运行时间进程任务

        if (!taskTimeCourse.initialize(true)) {

            System.err.println("Failed to initialize time course task.");

            return;

        }



        if (!taskTimeCourse.process(true)) {

            System.err.println("Failed to process time course task.");

            return;

        }



        // 获取仿真结果

        CopasiOutput output = taskTimeCourse.getOutput();

        CopasiMatrix result = output.getItem(0).get().getValidatedData();



        // 解析仿真结果

        double[] time = new double[result.getNumCols() - 1];

        double[] A_conc = new double[result.getNumCols() - 1];

        double[] B_conc = new double[result.getNumCols() - 1];



        for (int i = 1; i < result.getNumCols(); i++) {

            time[i - 1] = result.get(0, i);

            A_conc[i - 1] = result.get(1, i);

            B_conc[i - 1] = result.get(2, i);

        }



        // 保存结果到文件

        try (FileWriter writer = new FileWriter("results.txt")) {

            for (int i = 0; i < time.length; i++) {

                writer.write(time[i] + " " + A_conc[i] + " " + B_conc[i] + "\n");

            }

        } catch (IOException e) {

            System.err.println("Failed to write results to file: " + e.getMessage());

        }



        // 绘制结果（可以使用其他工具如 R 或 Python 进行绘制）

        System.out.println("Time\tA_conc\tB_conc");

        for (int i = 0; i < time.length; i++) {

            System.out.println(time[i] + "\t" + A_conc[i] + "\t" + B_conc[i]);

        }

    }

}

6. 总结

通过二次开发，您可以极大地扩展和优化 Copasi 的功能，使其更好地适应复杂生物系统建模和仿真需求。无论是使用 Python、C++、MATLAB 还是 Java，Copasi 都提供了相应的 API，帮助您高效地进行开发。以下是一些二次开发的主要优点：

  • 灵活性：您可以根据需要自定义模型和仿真参数。

  • 集成性：可以将 Copasi 与其他工具和库集成，进行更复杂的数据分析和可视化。

  • 可扩展性：通过编写自定义代码，可以轻松添加新的功能和改进现有功能。

希望本节的内容能够帮助您更好地理解如何使用不同的编程语言进行 Copasi 的二次开发。如果您有任何问题或需要进一步的帮助，请随时参考 Copasi 的官方文档或社区论坛。

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