Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析

### 使用LAMMPS进行氧化铝团簇沉积模拟 #### 背景概述 LAMMPS 是一种广泛应用于分子动力学仿真的工具，能够通过定义输入文件（in 文件）来实现复杂的物理化学过程仿真。对于氧化铝团簇的沉积模拟，可以通过设定合适的力场、温度控制以及边界条件来进行研究[^1]。 #### 力场的选择 在 LAMMPS 中，针对氧化铝体系通常采用 ReaxFF 或 MEAM 等适合描述金属氧化物相互作用的力场。这些力场可以较好地捕捉离子间的静电相互作用和共价键特性。具体选择取决于所需的精度与计算效率之间的平衡[^4]。 #### 初始配置构建 为了创建初始结构模型，需先建立一个包含基底表面和平移进入系统的自由飞行态下的Al₂O₃团簇的空间环境。此部分可通过如下方式完成： 1. **定义模拟盒尺寸** 设置足够大的真空层高度以避免周期性影像效应干扰实际碰撞行为。 2. **引入目标材料单元格参数** 基于实验数据或者密度泛函理论(DFT)优化得到的标准晶胞信息导入程序内部作为参考框架。 3. **随机分布待沉降颗粒位置坐标** 在远离衬底一定距离处按照给定半径范围内的球形区域均匀撒布若干个代表单体组成的集合体实例。 以下是用于生成上述场景的一个简化版脚本片段示例： ```bash region box block 0 50 0 50 -20 80 units box create_box all region box lattice fcc 3.96 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 region substrate block INF INF INF INF -10 -10 create_atoms 1 region substrate lattice yes basis 1 Al mass * 26.981538 # Aluminum mass in amu group mobile type 2 set group mobile charge -3/2 velocity all create 300 482745 dist gaussian rot yes mom no ``` 在此基础上继续扩展至完整的流程设计阶段... #### 温度调控策略 利用 Langevin thermostat 对整个系统施加外部热浴影响从而达到稳定状态的目的。其基本语法形式如下所示： ```bash fix myThermostat all langevin ${T_start} ${T_stop} ${damping_factor} ${random_seed} ``` 其中 `${}` 表达式的变量替换机制允许动态调整各项数值以便适应不同工况需求。 #### 输出监控项设置 最后别忘了指定必要的轨迹记录选项方便后续可视化分析操作。例如每步保存一次xyz格式坐标的指令可写成这样子的样子： ```bash dump dump_all all xyz 1 trajectory.xyz ``` 以上便是关于如何借助 LAMMPS 平台开展氧化铝纳米级尺度下聚集现象探究工作的初步指导方案概览。 ---