R包安装失败怎么办?(一)msigdbr

文章讲述了在R包安装过程中遇到的网络问题(如超时和下载失败)以及版本不匹配的解决方案。作者提供了通过本地下载和手动指定版本来安装msigdbr和GSVA包的方法,并强调了检查R版本的重要性。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

R包安装失败

如果是网络原因(error connection),就使用本地安装的方法。如果是网络原因,通常会出现安装超时,或者网络无法连接的提示

当你把timeout 设置到1000之后还会报错,怎么办?

options(timeout = 1000)
  • 1. 从报错信息上看是Error in download。说明下载错误

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :   download from 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/msigdbr_7.5.1.tar.gz' failed

  • 2. 使用浏览器下载这个文件:

https://cran.rstudio.com/src/contrib/msigdbr_7.5.1.tar.gz

  • 3. 然后本地安装

> install.packages("~/software/msigdbr_7.5.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")Installing package into ‘/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’(as ‘lib’ is unspecified)* installing *source* package ‘msigdbr’ ...** package ‘msigdbr’ successfully unpacked and MD5 sums checked** using staged installation** R** inst** byte-compile and prepare package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** installing vignettes** testing if installed package can be loaded from temporary location** testing if installed package can be loaded from final location** testing if installed package keeps a record of temporary installation path* DONE (msigdbr)>

成功!

*****************************************************************

今天还出现另外一个GSVA安装错误

  • 安装GSVA出现报错

BiocManager::install("GSVA")Error: Bioconductor version '3.16' requires R version '4.2'; use `version = '3.18'` with R version 4.3; see  https://bioconductor.org/install

仔细读报错信息,这不是网络原因,是版本原因

  • 2. 那就更新下

BiocManager::install(version = "3.18")

成功!

看完记得顺手点个“在看”哦!

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