$items['admin/tripal/extension/tripal_blast/help'] = array( 'title' => 'Help', 'page callback' => 'theme', 'page arguments' => array('blast_help'), 'access arguments' => array('administer tripal'), 'type' => MENU_LOCAL_TASK, );
时间: 2023-12-26 11:06:07 浏览: 92
这是一个示例的Drupal菜单定义代码段。它定义了一个名为'admin/tripal/extension/tripal_blast/help'的菜单项,具有以下属性:
- 'title'属性定义了菜单项的标题为'Help'。
- 'page callback'属性指定了处理该菜单项的回调函数为'theme'。
- 'page arguments'属性定义了传递给回调函数的参数为数组['blast_help']。
- 'access arguments'属性定义了访问该菜单项所需的权限为'administer tripal'。
- 'type'属性指定了菜单项的类型为MENU_LOCAL_TASK。
这段代码的作用是在Drupal后台管理界面的菜单中添加一个名为'Help'的子菜单项,并指定了相关的回调函数和权限设置。请注意,这只是一个示例,实际使用时可能需要根据具体需求进行修改。
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SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique帮我解释一下这段代码
这段代码主要是进行基因序列比对和去重的过程,其中:
- SampleID=JN_1901 是样本的编号;
- Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ 是blast比对结果的输出路径;
- Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa 是基因组装结果的路径;
- cd ${Blast_out} 进入blast比对结果的输出路径;
- blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 进行blastn比对,-query指定比对的查询序列,-db指定参考序列库,-out指定输出文件名,-num_threads指定线程数,-outfmt指定输出格式,这里是tabular格式;
- awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique 根据比对结果中的qseqid(即查询序列的ID)进行去重,这里使用awk命令,-F指定分隔符为制表符,!seen[$1]++表示如果第一个字段(即qseqid)没有出现过,则保留该行,否则忽略该行,最终输出去重后的结果到${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique文件中。
SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/ Diamond_Refer="/home/Reference_database/Diamond_blastx_nr/Diamond_nr.dmnd" Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} source activate yerunze_diamond diamond blastx -d ${Diamond_Refer} -p 16 -q ${Diamond_file_in} -o ${SampleID}_blastx --outfmt 6 qtitle qlen sseqid pident length qstart qend evalue bitscore staxids stitle salltitles sscinames -e 1e-5 -k 1 -b5 -c1这段代码什么意思
这是一段基于Diamond软件进行blastx比对的代码。Diamond是一款高效的序列比对软件,可以在较短时间内完成大规模序列比对任务。
具体来说,这段代码的作用是对输入的JN_1901_trinity.fa文件进行blastx比对,比对的参考数据库为Diamond_nr.dmnd。比对结果将以outfmt 6的格式输出到文件JN_1901_blastx中,包括查询序列ID、长度、匹配的参考序列ID、匹配度、匹配长度、查询序列起始和终止位置、E值、比特分数、参考序列分类信息等。比对时使用了16个线程,设置了一些参数如-e 1e-5表示E值阈值为1e-5,-k 1表示输出最佳匹配,-b5表示输出最多5个相似序列,-c1表示输出序列分类信息。
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