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$items['admin/tripal/extension/tripal_blast/help'] = array( 'title' => 'Help', 'page callback' => 'theme', 'page arguments' => array('blast_help'), 'access arguments' => array('administer tripal'), 'type' => MENU_LOCAL_TASK, );

时间: 2023-12-26 11:06:07 浏览: 92
这是一个示例的Drupal菜单定义代码段。它定义了一个名为'admin/tripal/extension/tripal_blast/help'的菜单项,具有以下属性: - 'title'属性定义了菜单项的标题为'Help'。 - 'page callback'属性指定了处理该菜单项的回调函数为'theme'。 - 'page arguments'属性定义了传递给回调函数的参数为数组['blast_help']。 - 'access arguments'属性定义了访问该菜单项所需的权限为'administer tripal'。 - 'type'属性指定了菜单项的类型为MENU_LOCAL_TASK。 这段代码的作用是在Drupal后台管理界面的菜单中添加一个名为'Help'的子菜单项,并指定了相关的回调函数和权限设置。请注意,这只是一个示例,实际使用时可能需要根据具体需求进行修改。
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SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique帮我解释一下这段代码

这段代码主要是进行基因序列比对和去重的过程,其中: - SampleID=JN_1901 是样本的编号; - Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/007_blastn/ 是blast比对结果的输出路径; - Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa 是基因组装结果的路径; - cd ${Blast_out} 进入blast比对结果的输出路径; - blastn -query ${Diamond_file_in} -db "/home/Reference_database/NCBI_db_nt/" -out ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out -num_threads 12 -outfmt 6 qseqid qlen saccver salltitles slen pident length qcovs bitscore evalue staxids -evalue 1e-5 进行blastn比对,-query指定比对的查询序列,-db指定参考序列库,-out指定输出文件名,-num_threads指定线程数,-outfmt指定输出格式,这里是tabular格式; - awk -F$'/t' '!seen[$1]++' ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out > ${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique 根据比对结果中的qseqid(即查询序列的ID)进行去重,这里使用awk命令,-F指定分隔符为制表符,!seen[$1]++表示如果第一个字段(即qseqid)没有出现过,则保留该行,否则忽略该行,最终输出去重后的结果到${Blast_out}${SampleID}_blastn.out.unique文件中。

SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/ Diamond_Refer="/home/Reference_database/Diamond_blastx_nr/Diamond_nr.dmnd" Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} source activate yerunze_diamond diamond blastx -d ${Diamond_Refer} -p 16 -q ${Diamond_file_in} -o ${SampleID}_blastx --outfmt 6 qtitle qlen sseqid pident length qstart qend evalue bitscore staxids stitle salltitles sscinames -e 1e-5 -k 1 -b5 -c1这段代码什么意思

这是一段基于Diamond软件进行blastx比对的代码。Diamond是一款高效的序列比对软件,可以在较短时间内完成大规模序列比对任务。 具体来说,这段代码的作用是对输入的JN_1901_trinity.fa文件进行blastx比对,比对的参考数据库为Diamond_nr.dmnd。比对结果将以outfmt 6的格式输出到文件JN_1901_blastx中,包括查询序列ID、长度、匹配的参考序列ID、匹配度、匹配长度、查询序列起始和终止位置、E值、比特分数、参考序列分类信息等。比对时使用了16个线程,设置了一些参数如-e 1e-5表示E值阈值为1e-5,-k 1表示输出最佳匹配,-b5表示输出最多5个相似序列,-c1表示输出序列分类信息。
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18, HEIGHT//2 + 120) replay_btn = Button(replay_img, (36,36), WIDTH // 2 - 18, HEIGHT//2 + 115) sound_btn = Button(sound_on_img, (24, 24), WIDTH - WIDTH // 4 - 18, HEIGHT//2 + 120) # FONTS *********************************************************************** game_over_font = 'Fonts/ghostclan.ttf' tap_to_play_font = 'Fonts/BubblegumSans-Regular.ttf' score_font = 'Fonts/DalelandsUncialBold-82zA.ttf' final_score_font = 'Fonts/DroneflyRegular-K78LA.ttf' game_over_msg = Message(WIDTH//2, 230, 30, 'Game Over', game_over_font, WHITE, win) score_msg = Message(WIDTH-50, 28, 30, '0', final_score_font, RED, win) final_score_msg = Message(WIDTH//2, 280, 30, '0', final_score_font, RED, win) tap_to_play_msg = tap_to_play = BlinkingText(WIDTH//2, HEIGHT-60, 25, "Tap To Play", tap_to_play_font, WHITE, win) # SOUNDS ********************************************************************** player_bullet_fx = pygame.mixer.Sound('Sounds/gunshot.wav') click_fx = pygame.mixer.Sound('Sounds/click.mp3') collision_fx = pygame.mixer.Sound('Sounds/mini_exp.mp3') blast_fx = pygame.mixer.Sound('Sounds/blast.wav') fuel_fx = pygame.mixer.Sound('Sounds/fuel.wav') pygame.mixer.music.load('Sounds/Defrini - 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100) e = Enemy(x, -150, type) enemy_group.add(e) start_time = current_time if plane_destroy_count: if plane_destroy_count % 5 == 0 and level < 5: level += 1 plane_destroy_count = 0 p.fuel -= 0.05 bg.update(1) win.blit(clouds_img, (0, 70)) p.update(moving_left, moving_right, explosion_group) p.draw(win) player_bullet_group.update() player_bullet_group.draw(win) enemy_bullet_group.update() enemy_bullet_group.draw(win) explosion_group.update() explosion_group.draw(win) fuel_group.update() fuel_group.draw(win) powerup_group.update() powerup_group.draw(win) enemy_group.update(enemy_bullet_group, explosion_group) enemy_group.draw(win) if p.alive: player_hit = pygame.sprite.spritecollide(p, enemy_bullet_group, False) for bullet in player_hit: p.health -= bullet.damage x, y = bullet.rect.center explosion = Explosion(x, y, 1) explosion_group.add(explosion) bullet.kill() collision_fx.play() for bullet in player_bullet_group: planes_hit = pygame.sprite.spritecollide(bullet, enemy_group, False) for plane in planes_hit: plane.health -= bullet.damage if plane.health <= 0: x, y = plane.rect.center rand = random.random() if rand >= 0.9: power = Powerup(x, y) powerup_group.add(power) elif rand >= 0.3: fuel = Fuel(x, y) fuel_group.add(fuel) plane_destroy_count += 1 blast_fx.play() x, y = bullet.rect.center explosion = Explosion(x, y, 1) explosion_group.add(explosion) bullet.kill() collision_fx.play() player_collide = pygame.sprite.spritecollide(p, enemy_group, True) if player_collide: x, y = p.rect.center explosion = Explosion(x, y, 2) explosion_group.add(explosion) x, y = player_collide[0].rect.center explosion = Explosion(x, y, 2) explosion_group.add(explosion) p.health = 0 p.alive = False if pygame.sprite.spritecollide(p, fuel_group, True): p.fuel += 25 if p.fuel >= 100: p.fuel = 100 fuel_fx.play() if pygame.sprite.spritecollide(p, powerup_group, True): p.powerup += 2 fuel_fx.play() if not p.alive or p.fuel <= -10: if len(explosion_group) == 0: game_page = False score_page = True reset() score += 1 score_msg.update(score) fuel_color = RED if p.fuel <= 40 else GREEN pygame.draw.rect(win, fuel_color, (30, 20, p.fuel, 10), border_radius=4) pygame.draw.rect(win, WHITE, (30, 20, 100, 10), 2, border_radius=4) pygame.draw.rect(win, BLUE, (30, 32, p.health, 10), border_radius=4) pygame.draw.rect(win, WHITE, (30, 32, 100, 10), 2, border_radius=4) win.blit(plane_img, (10, 15)) pygame.draw.rect(win, WHITE, (0,0, WIDTH, HEIGHT), 5, border_radius=4) clock.tick(FPS) pygame.display.update() pygame.quit() 转c++

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