DMU遗传评估软件使用指南

"这篇文档是关于DMU遗传评估软件的使用手册，包含了代码示例和运算教程，由邓飞编写，旨在帮助用户理解和应用DMU进行遗传参数估计、动物模型计算以及与ASREML软件的对比。" 1. DMU参数介绍 DMU是一款专门用于数量遗传学分析的软件，其核心功能包括估计方差分量、固定效应，并能预测育种值。该软件历史悠久，起源于25年前，主要服务于丹麦的动物育种研究，如牛、羊、貂和马等物种的遗传评估。DMU的名字来源于其初期的Derivative-free Multivariate Unconstrained (DF-MU) 过程，采用约束最大似然法(REML)进行多变量分析。尽管现在的DMU不再包含DF-REML模块，但其依然广泛应用于各种数量遗传学研究。 2. DMU-单性状动物模型 在单性状动物模型中，DMU可以处理包括数据预处理、模型设定、文件类型和执行DIR文件等一系列操作。用户可以使用DMU来分析单一性状的数据，比如体重或生产性能，并对比与ASREML的分析结果，以验证模型的准确性。 3. DMU-单性状重复力模型 单性状重复力模型考虑了数据的重复测量特性。DMU在这个模型中处理重复观测数据，执行DIR文件后，用户可以查看模型估计结果并与ASREML的输出进行比较。 4. DMU-多性状动物模型 多性状动物模型则涉及多个性状的分析，DMU支持处理多个表型数据，预测各个性状的育种值。同样，用户可以通过比较DMU与ASREML的分析结果来评估模型的适用性。 5. DMU-单性状母体模型 针对有母体效应的单性状模型，DMU能够估计母体对后代性状的影响。此部分包括对母体效应的处理，DIR文件的执行，结果的查看以及与ASREML的对比分析。 6. DMU-Linux下vim语法高亮设置 对于Linux用户，文档还提供了在vim编辑器中设置DMU语法高亮的方法，提高代码阅读体验。用户可以通过配置DIR.vim和DIR_suffix.vim文件，实现DMU命令的高亮显示。 7. 参考资料 最后，文档提供了一些参考资料，包括邓飞的其他相关工作，以供深入学习和研究。 这个DMU cookbook是一个综合性的指南，它不仅详尽介绍了DMU的基本用法，还展示了如何进行不同类型的遗传评估模型计算，并提供了与其他软件结果的比较，对进行遗传评估研究的人员具有极高的参考价值。