第1回全てのソフトウェアをインストールできる
- 2. 目次 1. 全てのソフトウェアをインストールする必要がある理由 2. 意外に難しいのは、なぜ？ 3. そもそもOSとは？ 4. ソフトウェアのバージョンとライブラリ 5. どの言語を使えば良いのか？ 6. 試しにインストールして見ましょう この資料では、最低限何を勉強すれば良いか、を簡潔に示します 「この本を読んでください」とは言いませんが 「この概念を理解してください」というのはあります ＝＞その辺りは適宜、皆さんでお調べくださいますようお願いします
- 3. 対象 ● 医学生 / 医師 / 医療従事者で ○ 何をしていいか、わからない人へ ○ 実戦でプログラムが書けるになるためへ ● 毎回の動画: 約10分 ○ 全体像の雰囲気をざっくり理解してもらう ● 自習/独習してもらう時間: 週30分程度 ● 2週間に1回、新しい動画を公開 ● まずなんとなく分かってほしい。 ○ それで自分の手で動かせそうとやる気が出るレベルを目指す ● わからないことがあれば、LINE@で聞いてください LINE@
- 4. 1.インストールできる必要がある理由 ● 研究するには、他の研究者が作ったソフトウェアを使うことが多いから ● 研究したいテーマごとに多くのソフトウェアが存在するから ○ RNAの定量、コピーナンバー変異、 splicing異常、融合遺伝子など、それぞれやりたいこと毎にソフ トウェアがある ● これらを使いこなせることが医学部では「プログラミングができる」の一つの要素 ● わざわざ第一回に持って来てるのは、インストールが意外に難しいし、パソコンの 仕組みを知らないとできないから ● 基本的にここからは、パソコンがMacかLinuxの話になります。Windowsは使いま せん。(windowsの方は後述します)
- 5. 2.インストールが意外に難しいのはなぜ？ ● OSの違い ○ Mac専用のソフトなのに、 Windowsにインストールしようとしてる ● ソフトウェアのバージョンの違い ○ Python2で書かれたソフトなのに、 Python3で使おうとしてる ● ライブラリに多くは依存している ○ 動かしたいソフトに必要な数理系のソフトが、自分の PCに入っていない ● ソフトウェアが書かれている言語の違い ○ C言語で書かれたソフトなのに、 C言語を入れてない =>コンピューターに対する知識があれば、インストールは簡単 =>逆に知らないと、インストールに苦労する
- 7. 4.ソフトウェアのバージョンとライブラリ 1. ソフトウェアにはバージョンがある a. Ex) Pythonというソフトウェアは 2, 3とある 2. ライブラリ a. 全てのソフトは、ライブラリの集合体 b. 髪の毛を切るのに、ハサミから作らない 3. エラー例 a. Xというソフトウェアを使いたい b. そのソフトウェアはPython2で書かれている c. しかし自分のパソコンには Python3しか入っていない d. エラーが起きてインストールできない
- 9. ６.どの言語を使えばいいのか？ ● この質問が多いが、インストールして他人のソフトを使うだけなら、プログラミングの 勉強は不要 ● 生物学、医学で使われるソフトウェアは様々な言語(Ruby,Perlなど) ○ とは言っても統計ソフトを利用する目的で Rを習得する人が多い ● どのようなソフトウェアであっても、インストールできることが大事 ● ただ医師が使いたいソフトウェアは、世の中に無限にある ○ 世界の研究者が同じようなソフトウェアをたくさん作っている
- 10. 7.塩基配列のノイズ処理だけで最低8個のソフト ● 何が違うのか? ○ 速度やノイズ処理の精度が異なる ○ ただそこを考えるのは難しいので、レビュー論文がないかすぐ調べる ● 8個違う具体例 ○ cutadapt -> Python ○ FaQCs -> Perl ○ FastQC -> Java ○ FASTX-toolkit -> C ○ PRINSEQ -> Perl ○ qrqc -> R ○ ShortRead -> R ○ Trimmomatic -> Java
- 12. 実践編: 実際にインストールするところ 試しにcutadaptをインストールしてみる 1. Googleする “cutadapt install” 2. Cutadaptのソフトウェアのサイトにたどり着く 3. そこに “pip install cutadapt”と書いてあるので、それをターミナルに打ち込む こちらのサイトが非常に便利(https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/qc/cutadapt.html )
- 13. コマンドを打ったが、、、 -bash: pip: command not found と出てしまう。そしたらエラーメッセージごとGoogle検索
- 16. インストール解決策 ● OSもソフトのバージョンもライブラリも違うのとインストールできないって、面倒臭過 ぎない？ => いくつかの対策あり ● VMwareを使った仮想OS ● Pipなどのパッケージ管理ソフト ● Rstudioなど ○ 一番簡単にインストールできる
- 17. Windowsの方へ ● 多くの生物医学系のソフトウェアが、Linuxで動くように書かれている ○ よってVM wareを使い仮想OSを動かすことを推奨しています
- 18. 独習して欲しい内容 ● コマンドライン、ターミナルを扱えるようにする ● 以下のソフトウェアをダウンロードしインストールできる ○ FaQCs ■ https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/qc/faqcs.html ○