“これから”のライフサイエンス研究とバイオインフォマティクス (Next Generation Life Science & Bioinformatics)
25 likes•5,575 views
“これから”のライフサイエンス研究とバイオインフォマティクス (Next Generation Life Science & Bioinformatics)
- 1. #NGLSBI これから の ライフサイエンス研究と バイオインフォマティクス Next Generation Life Science & Bioinformatics 坊農 秀雅 情報・システム研究機構(ROIS) ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) Pictures from http://g86.dbcls.jp/togopic/ © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !1
- 2. #NGLSBI 坊農秀雅 • 読み: ぼうのうひでまさ • 趣味: 道の駅&温泉巡り、スキー、元鉄オタ • 専門: ‒バイオインフォマティクス ‒ゲノム生物学(微生物→マウス、最近は昆虫) • ドメイン: bonohu.jp • twitter可 • ハッシュタグは !2 bonohu! ! [email protected] #NGLSBI © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 3. #NGLSBI 本日のお題 1. ライフサイエンス研究の現状 2. バイオインフォマティクスとは 3. これからのライフサイエンス研 究とバイオインフォマティクス !3 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 4. #NGLSBI 1. ライフサイエンス研究 の現状 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 5. #NGLSBI Nature 464, 670-671 (2010) !5 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 6. #NGLSBI DNA塩基配列解読の超高速化 • かつてはSanger法 • 最近は「次世代シーケンサー(NGS)」 ‒Illumina: Sequence By Synthesis • http://www.youtube.com/watch?v=womKfikWlxM ‒Life Technologies(Applied Biosystems) •ヌクレオチドがDNA鎖に取り込まれる過程でポリメ ラーゼによって放出される水素イオンを検出 • https://www.youtube.com/watch?v=MxkYa9XCvBQ ‒PacBio: 一分子・リアルタイム(SMRT®)検出 • https://www.youtube.com/watch?v=NHCJ8PtYCFc !6 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 7. #NGLSBI exomeの例 !7 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 8. #NGLSBI whole genomeの例 !8 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 9. #NGLSBI 遺伝医学の入門書 • 遺伝医学やさしい系統講義18講 ‒ 例えば… ‒ 単一遺伝子疾患とメンデル遺伝学 ‒ 多因子疾患の遺伝学 ‒ エピジェネティックス ‒ 集団遺伝学 ‒ 薬理遺伝学・ゲノム薬理学 ‒ 遺伝カウンセリング ‒ など !9 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 10. #NGLSBI 個人ゲノム解読: 新たな問題も !10 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 11. #NGLSBI MiSeq • Illumina社のデスクトップ次世代シーケンサ • 富山大学にも導入済み • 最新の v3 試薬だと1runで ‒300塩基(base) ‒5000万リード ‒→15 Gb(参考: ヒトハプロイドゲノム 約3Gb) !11 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 12. #NGLSBI 次世代シーケンサからのデータ • FASTQフォーマットのファイル ‒4行/readが基本単位 ‒MiSeq v3 •5000万リードx4行 •=2億行 SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33 TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC +SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33 -IIIIIIII8IIIIIIIIIII6IIIIIIIII9I @SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33 TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG +SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33 IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIII-III @SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33 GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT +SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33 IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII • ファイルサイズも2Gbyte/file超 ‒FAT32フォーマットでは扱えない • いわゆる「開く」ことが不可能 !12 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 13. #NGLSBI (･́ω`･)困ｯﾀﾅｧ... © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 14. #NGLSBI 2. バイオインフォマティクス とは? © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 15. #NGLSBI バイオインフォマティクスとは • コンピュータを実験デバイスとして 使って、生物学的に有意な結論を引 き出そうとする学問 ‒坊農秀雅(2002) • 計算機科学の技術を応用して生物学 の問題を解こうとする学問 ‒日本語版Wikipedia(2013/12/7版) !15 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 16. #NGLSBI バイオインフォマティクスの教科書 1. バイオインフォマティクスの歴史と全貌 2. 配列の収集と蓄積 3. 対にした配列のアラインメント 4. 配列アラインメントの確率的,統計的解析入門 5. 多重配列アラインメント 6. 類似配列のデータベース検索 7. 系統推定 8. RNA二次構造の予測 9. 遺伝子予測と遺伝子調節 10.タンパク質の分類と構造予測 11.ゲノム解析 12.PerlとPerlモジュールを用いたバイオインフォマティクス・プログラミング 13.マイクロアレイの解析 !16 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 17. #NGLSBI バイオインフォマティクスの範疇 イメージ解析 遺伝子発現解析 ! アミノ酸配列解析 塩基配列解析 ! パスウェイ解析 シミュレーション !17 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 18. #NGLSBI (かつての)バイオインフォマ ティクス研究者の職種別分類 • アルゴリズム屋! 数学的 抽象的 –方法を考える人! –「NP完全」がキーワード! • 実装屋! –プログラムやツールを書く人! ライフサイエンス研究 –プログラムを使って実際に生データを相手に手を 動かす人 者の範疇 • 解析屋! 生物的 具体的 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !1 !18 8
- 19. #NGLSBI あなたも バイオインフォマティクス研究者! !19 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 20. #NGLSBI !20 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 21. #NGLSBI バイオインフォマティクス研究者の分類(改) ∼富山城の天守に喩えて∼ 3. ガチ系 2. コマンドライン系 1. コピペ系 0. 他力本願 Photo by Hidemasa Bono on Dec.08, 2013 !21 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 22. #NGLSBI 1. コピペ系バイオインフォマティクス • 配列断片などをコピー&ペースト(コピペ)して GUI(Graphical User Interface)で解析 ‒ウェブブラウザ上や専用ソフトウェア ‒コピペマティクスw • 武器 ‒ショートカットキー(例: +C, +V) ‒グーグル先生 ‒ソーシャルネットワーク(SNS) •Twitter !22 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 23. #NGLSBI 2. コマンドライン系バイオインフォマティクス • UNIXのコマンドライン上で、既存のツールを 組み合わせて解析をする ‒Command line User Interface(CUI) (cf. GUI) • たまに捨てコードを書く • 武器 ‒shell script ‒Perl, Ruby ‒Python ‒R !23 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 24. #NGLSBI 3. ガチ系バイオインフォマティクス • ある解析技術に特化したプログラムを書く ‒例えば、BLAST • ライフサイエンスに興味あるのかな…!? • でもそういう人がプログラム作ってくれない と…いつも大変感謝しております • 武器 ‒C, C++ ‒Fortran !24 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 25. #NGLSBI 0. 他力本願 • 他人にやらせる系 • 自分の研究テーマなのに • 「あなた、本当に研究者?」 • 武器 ‒自然言語(関西弁が多い) !25 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 26. #NGLSBI 考察 •レベル0は論外。すぐにレベルアップを •時代が経ってソフトウェアが進化すれば、 レベル1でもなんとかなる(はず) •早く目的の課題を解きたいのであれば、 自らのレベルをさらに上げるしかない ぼうのふは レベル２にあがった！ !26 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 27. #NGLSBI レベルを上げるとは? • レベル0→1 ‒インターネットをもっと活用、ソフトウェア導入 など、自らの意識改革で実現可能 • レベル1→2 ‒UNIX使いましょう •MacOSX: 「アプリケーション」→「ユティリティ」 の「ターミナル」を常時起動 •Windows: cygwinを導入。できればMacOSXへ ‒ cygwin: UNIX系の便利なプログラムを利用するためのツール !27 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 28. #NGLSBI レベル1: GUIを決め込む • NGS解析GUIソフトウェア(有償) – CLC Genomics workbench http://www.clcbio.co.jp/ – Avadis NGS http://www.avadis-ngs.com/ • 遺伝子発現解析 ‒無償でいいものが多数 –例えば、GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)のDAVID! –Google 検索して調べましょう !28 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 29. #NGLSBI マイクロアレイ解析 レベル1で可 遺伝子アノ テーション oligoprobeに対応する 遺伝子ごとの発現量 !29 Genespring © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !29
- 30. #NGLSBI データ形式の実際(マイクロアレイ) • タブ区切りテキスト! –数万(=スポットの数)行! • (古い)Excelでも「開ける」! –Excel2003の行数制限内! • コマンドライン操作なしで中身が直接見れる !30 !30 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 31. #NGLSBI RNAseq • 「次世代シーケンサを利用して、サンプル中 の RNA の中身に関する情報を得るために cDNA をシーケンシングする方法」! –http://en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seqより勝手に翻訳! • Whole transcriptome shutgun sequencing(WTSS) や! • Transcriptome sequencingとも !31 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 32. #NGLSBI SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33! TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC! +SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33! -IIIIIIII8IIIIIIIIIII6IIIIIIIII9I! @SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33! TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG! +SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33! IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIII-III! @SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33! GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT! +SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33! IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII FASTQ RNAseq データ 解析の流れ 上流はレベル2 ゲノム 1.tophat (bowtie) 2.cufflinks ゲノムに対する多重配列アラインメント .gtf ゲノムアノ テーション 予測転写単位ごとの （推定）発現量情報 !32 .fa .bam 遺伝子アノ テーション 3.cummeRbund © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !32
- 33. #NGLSBI レベル2: UNIXの使い方(CUI)デモ • 出典: http://bit.ly/unixdemo131209 ‒ grep ‒ less ‒ cut, sort, wc ! • どうしてもWindowsという人はcygwinを –http://togotv.dbcls.jp/20110520.html !33 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 34. #NGLSBI レベル1-2 http://www.hiroogakuen.jp/weblog/archives/17598 !34 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 35. #NGLSBI 学部生でレベル2だとこんなことも • 現在、学部4年生! • First authorの論文がすでにaccepted !35 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 36. #NGLSBI 3. これからの ライフサイエンス研究と バイオインフォマティクス © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 37. #NGLSBI バイオインフォマティクス スキルがあれば、ライフサ イエンス研究はできるか？ NO http://www.geocities.jp/papertoy_box/make/98CmdCar.html © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 38. #NGLSBI 車輪の両輪 http://www.geocities.jp/papertoy_box/make/98CmdCar.html •バイオインフォマティクス を含めた実験スキル •ライフサイエンスの知識 研究前進 !38 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 39. #NGLSBI ライフサイエンスの知識 •蓄積された事実 ‒ (これまで)教科書 ‒(最近は)データベース • 特定のテーマに沿ったデータを集めて管 理し、容易に検索・抽出などの再利用を できるようにしたもの !39 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 40. ライフサイエンス分野の データベース #NGLSBI • PubMed, PubMedCentral(PMC) ‒論文のデータ • DDBJ/EMBL/Genbank ‒塩基配列データ • UniProtKB(かつてのSwissProt) ‒アミノ酸配列データ • PDB !40 ‒タンパク質の立体構造データ © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 41. #NGLSBI データベース乱立時代 • Nucleic Acids Research • 毎年年頭にDatabase issueを発刊 • 2013年(最新版)の巻頭言 – http://nar.oxfordjournals.org/content/41/D1/D1.abstract • 1,512のDB! • 多すぎ。把握困難 統合しましょう !41 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 42. #NGLSBI 日本の「統合DB」とは? • 生命科学分野のいわゆる「公共データベース」 • ライフサイエンスデータの流通業 • NBDC 、 DBCLS、DDBJ を中心に 日本中のさまざまな大学・研究機関が協力 • 安心してすぐに利用できるデータを提供 • 公共DBとして外に出す際にデータを綺麗に !42 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 43. #NGLSBI 無料で使えます • 基本的にユーザー登録なし • for profit(企業の方)もタダ !43 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 44. #NGLSBI じゃ、どうやって? • やりたいことを「インターネット検索」して 見つかります ‒ 要するにググって下さい • 見つからない場合は、NBDC portalから ‒ かつてのYahoo!的なindexサイト !44 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 45. #NGLSBI http://biosciencedbc.jp/ !45 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 46. IntegbioDBカタログ #NGLSBI !46 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 47. #NGLSBI 生命科学DB横断検索 !47 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 48. #NGLSBI 生命科学DBアーカイブ !48 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 49. #NGLSBI バイオサイエンスデータベース センター(NBDC) •National Bioscience Database Center ‒Since 2011 •独立行政法人 科学技術振興機構(JST)の傘下 !49 http://biosciencedbc.jp/about-us/projects-and-activitiesより引用 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 50. #NGLSBI RDFによるDB統合 ゲノムの配列情報と多種多様なアノテーションデータを個別のオン トロジー、データ変換プログラムを開発し RDF 形式にして統合 ゲノム配列 NCBI: BioProject/RefSeq -- 既存のリファレンス配列 DDBJ: Annotation pipeline/GTPS -- 新規ゲノ ム配列 実験・メタデータ INSDC, NCBI: SRA, GEO DBCLS: RefEx, Kusarinoko GOLD, GSC: 環境メタデータ Bulk data: 文献, 画像 ... オントロジー NCBO: BioPortal, OBO (GO, SO ...) DBCLS: MEO, GMO, MCCV ... アノテーション UniProt: Protein functions and links Formats: GFF3, GTF, GVF, DAS, BED ... Tools: Cufflinks, BLAST, InterProt ... Slide from トーゴーの日シンポジウム2013 「データベース統合の実現に向けて2」 by 岡本忍 (DBCLS) !50 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 51. http://qa.lifesciencedb.jp/ #NGLSBI LSQA !51 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 52. #NGLSBI 和を以て貴しと為す 継続的に維持管理していくことが大事 !52 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 53. #NGLSBI 全部紹介している時間ないので !53 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 54. #NGLSBI 統合DBの活用法 統合TV http://togotv.dbcls.jp/ © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 55. #NGLSBI 統合TV (togoTV) •動画によるDBやツールのチュートリアル ‒ 各DBやツール名で検索 http://togotv.dbcls.jp/ •統合データベース講演会AJACSの動画も •YouTubeにも http://youtube.com/togotv •約750の動画 (アップデート込) クリエイティブ・コモンズ 表示 2.1 日本 !55 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 56. #NGLSBI NGS !56 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 57. #NGLSBI !57 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 58. #NGLSBI !58 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 59. #NGLSBI !59 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 60. #NGLSBI MotDB • Master of the DB「データベースの達人」 ‒ 「もっとDB? もういらん、増やさんといて!」 • 統合DB講習会のテキスト置き場 ‒ DBやツールの使い方の宝庫 http://MotDB.dbcls.jp/ ‒ 例えば… •RNAseq,ChIPseqのRによる解析方法 •遺伝子発現データの生物学的解釈方法 •Local BLASTのやり方(MacOSX, Windowsの両方) !60 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 61. #NGLSBI 統合DBの活用法 1. 文献データ 新着論文レビュー 領域融合レビュー Allie: 生命科学分野の略語／展開形検索 inMeXes: 逐次PubMed表現検索 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 62. #NGLSBI 大人気のサービス !62 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 63. #NGLSBI 新着論文レビュー http://first.lifesciencedb.jp/ クリエイティブ・コモンズ 表示 2.1 日本 !63 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 64. #NGLSBI 領域融合レビュー http://leading.lifesciencedb.jp/ クリエイティブ・コモンズ 表示 2.1 日本 !64 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 65. #NGLSBI http://allie.dbcls.jp/ !65 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 66. #NGLSBI inMeXes !66 http://docman.dbcls.jp/im/ ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 67. #NGLSBI !67 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 68. #NGLSBI Life Science Dictionary のサイトにリンク !68 ©© 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN
- 69. #NGLSBI 統合DBの活用法 2. 塩基配列データ DDBJ DBCLS SRA GGRNA GGGenome © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 70. #NGLSBI 突然ですが…DBCLS移転します • 2013年度末に ‒ 柏の葉キャンパス駅前のビル ‒ 遺伝研DDBJ/CIBの隣のビル • 「統合」なのに分割移転w ‒ 予算的、制度的な都合 • 物理的に「統合」 ‒ DDBJ+DBCLS(一部) でも、前から協調してやっています © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !70
- 71. #NGLSBI !71 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 72. #NGLSBI 1. DBCLS SRA Pipeline to help re-use public NGS data Search data • Yellow pages for NGS data archived! –Indexed by metadata. Search by....! Download Quality Check • Statistics! • Publications! • Diseases! –Direct link to original DB(SRA)! Data processing Analysis • Pre-calculated QC data http://SRA.dbcls.jp/ !72 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 73. #NGLSBI Statistics: studies !73 Picture from Togo Picture Gallery http://g86.dbcls.jp/togopic/©2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 74. #NGLSBI PUBLISHED OR NOT 公開されたデータを元にした論文はあるのか 19% 「論文を公開してから データを公開する」! とは限らない paper published not published NUMBER OF SUBMITTED STUDY !74 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 75. #NGLSBI Search by publications http://bit.ly/sra2pubmed !75 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 76. #NGLSBI Search by diseases !76 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 77. #NGLSBI Search by diseases(cont.) Nakazato T, Ohta T, Bono H! Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the Sequence Read Archive.! PLOS ONE. 2013; doi: 10.1371/journal.pone.0077910 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !77
- 78. #NGLSBI GGRNA GooGle ライクな RNA 検索エンジン http://GGRNA.dbcls.jp/ ■ あらゆるキーワードや塩基配列・ アミノ酸配列からすばやく簡単に 遺伝子を検索するウェブサーバ ■ RefSeqのmRNA＋ncRNAを 高速に全文検索する ■ PCRのプライマー、マイクロ アレイのプローブ、siRNAの 標的配列を即座に確認 ■ REST API提供により外部の システムと連携可能 !78 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 79. #NGLSBI GooGle ライクな Genome 検索エンジン http://GGGenome.dbcls.jp/ Genomeも検索できたらええなあ… やりましょう!! !79 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 80. #NGLSBI 統合DBの活用法 3. 遺伝子発現データ NCBI GEO目次 RefEx © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 81. #NGLSBI GEO目次 !81 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 82. #NGLSBI 同じようなものが一杯あって、 どれを選んでいいか、わからない !82 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 83. #NGLSBI RefEx: 遺伝子発現 リファレンスデータセット • 臓器ごとの発現比較を4つの実験手法と BodyParts3Dで http://RefEx.dbcls.jp/ ‒正常組織・臓器における遺伝子発現のリファレンス ‒再利用可能で有用なパブリックデータの活用例 •「組織特異的遺伝子」検索機能の実装 EST GeneChip Classical Expressed Sequence Tags Affymetrix’s microarray CAGE RNAseq Cap Analysis of Gene Expression Transcriptome Sequencing © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 !83
- 84. #NGLSBI http://RefEx.dbcls.jp/ !84 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 85. #NGLSBI !85 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 86. #NGLSBI !86 © 2013 DBCLS Licensed under CC BY 2.1JAPAN © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 87. #NGLSBI 結語 整備されてきた 公共データベース をうまく活用して 自分のやっている ことに役立ててい きましょう! 私もやっています !87 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 88. #NGLSBI いつでもどこでもタダじゃない… !88 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 89. #NGLSBI 結語2 !89 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本
- 90. #NGLSBI 御清聴ありがとうございました We all level 2 and more! スライドのありか http://bit.ly/bono131209 bonohu! [email protected] photo by @hirabat (1st Bono Conference on 20130113 ) !90 !90 © 2013 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本