Молекулярная биология для
биоинформатиков
• Академический университет
• Ефимова Ольга Алексеевна
В презентации выборочно использованы слайды из курса «Биохимия» СПбГУ
No3 biohimiya makromolekuly
Лекция 3 – Биохимия (макромолекулы)
Биологические
макромолекулы
• Белки
• Углеводы
• Липиды
• Нуклеиновые кислоты
Углеводы
• Содержат углерод, водород, кислород
• Главная функция – обеспечение
питания клетки
ОБЩАЯ
ФОРМУЛА:
1.Моносахариды (простые сахара)
2.Олигосахариды (в т.ч.дисахариды)
3.Полисахариды:
• Гомополисахариды: гликоген, крахмал,
целлюлоза, хитин
• Гетерополисахариды: гиалуроновая
кислота, гепарин и др.
4. Гликоконьюгаты: гликопротеины и
протеогликаны
Углеводы
Моносахариды (простые сахара)
Cокращенные обозначения моносахаридов
МОНОСАХАРИД СОКРАЩЕНИЕ МОНОСАХАРИД СОКРАЩЕНИЕ
Ксилоза
Xyl
N-ацетил-
галактозамин
GalNac
Рибоза Rib N-ацетил-глюкозамин GlcNac
Фукоза Fuc N-ацетилмурамовая
кислота
Mur2Ac
Галактоза Gal N-
ацетилнейраминовая
кислота
Neu5Ac
Глюкоза Glc Галактозамин GalN
Манноза Man Глюкозамин GlcN
Рамноза Rha Глюкуроновая
кислота
GlcA
Фруктоза Fru Мурамовая кислота Mur
Дисахариды
• Disaccharides or double sugars
Полисахариды
Гомополисахариды Гетерополисахариды
Линейные РазветвленныеЛинейные Разветвленные
Крахмал –
основной
запасной
полисахарид
растений
гранулы крахмала
Амилоза – линейный компонент крахмала
Гранулы гликогена –
запасного
полисахарида
животных – в клетках
печени
ЦЕЛЛЮЛОЗА – СТРУКТУРНЫЙ
ПОЛИСАХАРИД
Целлюлоза
β 1→4 О-гликозидная связь
Структура целлюлозы
Клеточная стенка водоросли
Водородные связи в целлюлозе
ХИТИН
ХИТОЗАН
гепарин
Сульфоидуроновая кислота 2,6-дисульфо-N-ацетилглюкозамин
Гетерополисахариды
Гликоконьюгаты
• гликопротеины – большую часть
молекулы составляет белок
• протеогликаны – до 96% молекулы
составляет полисахарид
• гликолипиды и липополисахариды –
мембранные структуры
Липиды
• Содержат C, H и O, но кислорода
меньше, чем в углеводах
• Примеры:
– триглицериды
– фосфолипиды
– стероиды
– эйкозаноиды
Триглицериды
• Состоят из жирных кислот и глицерола
Насыщенные
жиры
Ненасыщенные жиры
Мононенасыще
нные
Полиненасыщенные
Омега-9 Омега-3 Омега-6
Сливочное
масло и
молочные жиры
Оливковое
масло
Рыба и рыбий
жир
Подсолнечное
масло
Мясо, сало,
животные жиры
Арахисовое
масло
Льняное масло
Кукурузное
масло
Пальмовое
масло
Авокадо Рапсовое масло Орехи и семечки
Кокосовое
масло
Маслины
Масло грецкого
ореха
Хлопковое
масло
Масло какао Мясо птицы
Масло
зародышей
пшеницы
Соевое масло
Насыщенные и ненасыщенные жиры
Другие липиды
• Фосфолипиды – модифицированные
триглицериды с двумя жирными и
фосфатной группой
Другие липиды
• Стероиды – плоские молекулы с 4-мя
углеводородными кольцами
• Эйкозаноиды – 20-ти углеродные жирные
кислоты, входят в состав мембран клетки
Липиды в теле человека
• триглицериды – в тканях и вокруг
органов
• фосфолипиды – главный компонент
клеточных мембран
• стероиды – холестерол, витамин D,
половые гормоны, гормоны
надпочечников
• Жирорастворимые витамины - A, E и K
• Липопротеины – транспорт жирных
кислот и холестерола по кровяному
руслу
• Эйкозаноиды – простогландины,
лейкотриены, тромбоксаны
Липиды в теле человека
Арахидоновая кислота
ПРОСТАГЛАНДИНЫ:
Широкий спектр
воздействий, так как
регулируют синтез сAMP в
разных тканях, например:
- Стимулируют
сокращение гладкой
мускулатуры матки;
- Влияют на суточные ритмы;
- Изменяют
чувствительность тканей
к гормонам (адреналину и
глюкагону)
-Вызывают повышение
температуры,
участвуют в развити
реакции воспаления и боли
Prostaglandin E1 (PGE1)Простагландин Е1
Простагландин F1α
Арахидоновая кислота ТРОМБОКСАНЫ
- Сокращают кровотечение
и способствуют
образованию
кровяного сгустка
Арахидоновая кислота
Тромбоксан А2
Арахидоновая кислота
ЛЕЙКОТРИЕНЫ
-Индуцируют сокращение
мускулатуры
дыхательных путей;
-Гиперпродукция
лейкотриенов приводит к
астматическому
приступу
Лейкотриен А4
АДИПОЦИТЫ
No3 biohimiya makromolekuly
Функции
1. Запасание липидов – энергетическое депо:
а) накапливаются в больших количествах;
б) на ед. веса запасается в 2 раза больше энергии, чем в
углеводах
в) негидратированы (при запасании углеводов – 2г воды на 1 г
гикогена)
2. Теплоизоляция
3. Выделение дополнительного тепла
Аминокислоты
Аминокислоты
Некоторые характеристики аминокислот
Название 3-букв.код 1-букв.код MW Полярность при рН 6 - 7
Аланин ALA A 71 H (гидрофобная)
Аргинин ARG R 157 C+ (+заряженная)
Аспарагин ASN N 114 P (полярная)
Аспарагиновая к-та ASP D 114 C-
Цистеин CYS C 103 P
Глутаминовая к-та GLU E 128 C-
Глутамин GLN Q 128 P
Глицин GLY G 57 N
Гистидин HIS H 137 P,C+
Изолейцин ILE I 113 H
Лейцин LEU L 113 H
Лизин LYS K 129 C+
Метионин MET M 131 H
Фенилаланин PHE F 147 H
Пролин PRO P 97 H
Серин SER S 87 P
Треонин THR T 101 P
Триптофан TRP W 186 P
Тирозин TYR Y 163 P
Валин VAL V 99 H
D-глицеральдегид L-глицеральдегид
Хиральность
No3 biohimiya makromolekuly
D- и L-аминокислоты
Аланин Аланин
Белки
• Макромолекулы, состоящие из
комбинаций 20 типов аминокислот,
связанных пептидными связями
Amino acid Amino acid
Dehydration
synthesis
Hydrolysis
Dipeptide
Peptide bond
+N
H
H
C
R
H
O
N
H
H
C
R
CC
H
O H2O
H2O
N
H
H
C
R
C
H
O
N
H
C
R
C
H
O
OH OH OH
1952 – 1956
Фредерик Сэнджер определил аминокислотную
последовательность пептидного гормона инсулина
Нобелевская премия по химии 1958
Первичная
структура
инсулина быка
Дисульфидные
мостики
образованы
остатками
цистеина
А-
цепь
В-цепь
Уровни структурной организации
белков
• Первичный – последовательность АК
• Вторичный – альфа-спираль или бета-
слой
• Третичный – скручивание вторичной
структуры в глобулу
• Четвертичный – соединение несколький
полипептидных цепей в особую
пространственную структуру
ИЕРАРХИЯ
БЕЛКОВОЙ
СТРУКТУРЫ
Весной 1951 г. Linus Pauling,
Robert Corey, and Herman
Branson в серии из 8 статей,
опубликованных в
Proceedings of the National Academy
USA , предложили модель
структуры
α-спирали и β-слоя.
The Structure of Proteins: Two
Hydrogen-Bonded Helical Configurations
of the Polypeptide Chain
n
n-4
n-3
n-2
n-1
Вторичная структура белка
стабилизирована
водородными связями
a - спираль
β – складчатый слой
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
C
C
N
O
N
H
C
O
C
H
CC
N
O
N
H
C
O
C
H
CC
N
O
N
H
C
O
C
H
CC
N
O
N
H
C
O
C
H
CC
N
O
ТРЕТИЧНАЯ СТРУКТУРА –
УКЛАДКА ВТОРИЧНЫХ СТРУКТУР ОДНОЙ ПОЛИПЕПТИДНОЙ
ЦЕПИ В ГЛОБУЛУ
(ПОЛНАЯ ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА ПОЛИПЕПТИДНОЙ
ЦЕПИ)
Типы взаимодействий,
стабилизирующие третичную
структуру
• Гидрофобные взаимодействия между
неполярными радикалами
• Водородные связи между полярными
радикалами
• Электростатические взаимодействия
между противоположно заряженными
радикалами
Hydrophobic
interaction
Примеры нековалентных взаимодействий между
аминокислотными остатками в третичной структуре
Фибриллярные и глобулярные
белки
• Фибриллярные белки
– Протяженные белковые цепи
– Примеры: кератин, эластин, коллаген
ФИБРИЛЛЯРНЫЕ БЕЛКИ ИМЕЮТ ТОЛЬКО
ВТОРИЧНУЮ СТРУКТУРУ
• Глобулярные белки
– Компактные сферические белки, имеющие
третичную и четвертичную структуру
– Примеры: антитела, гормоны, ферменты
Фибриллярные и глобулярные
белки
Денатурация белка
• Обратимая (не сильное изменение pH,
температуры)
Денатурация белка
• Необратимая (сильное изменение pH,
температуры)
Нуклеиновые кислоты
• 1869 Фридрих Мишер
выделил из клеоток гноя
(лейкоцитов) и спермы
лосося вещество,
названное им нуклеином
Friedrich Miescher (1844-1895)
Nucleic Acids
• Composed of carbon, oxygen, hydrogen,
nitrogen, and phosphorus
• Their structural unit, the nucleotide, is
composed of N-containing base, a
pentose sugar, and a phosphate group
• Five nitrogen bases contribute to
nucleotide structure – adenine (A),
guanine (G), cytosine (C), thymine (T),
and uracil (U)
• Two major classes – DNA and RNA
Азотистые основания
пурины
N
N
N
N
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Аденин
Гуанин
A
G
N
N
N
N
H
NH2
N
N
N
N
H
O
H
NH2
N
N
5
6
1
2
3
4
Тимин
Цитозин
NH
N
O
T
O
H
H3C
C
N
N
NH2
O
H
Азотистые основания
пиримидины
N
N
5
6
1
2
3
4
NH
N
O
U
O
H
Азотистые основания
урацил
Углеводные
компоненты
нуклеотидов O
HOCH2
OH
OHOH
O
HOCH2
OH
HOH
Рибоза
Дезоксирибоза
Нуклеозид Нуклеотид (монофосфат)
основание нуклеозид нуклеотид НК
Аденин Аденозин
(А)
Адениловая кислота
(АMP)
ДНК,
РНК
Гуанин Гуанозин
(G)
Гуаниловая кислота
(GMP)
ДНК,
РНК
Цитозин Цитидин
(С)
Цитидиловая
кислота
(CMP)
ДНК,
РНК
Тимин Дезокситимидин
(Т)
Дезокситимидиловая
кислота
(TMP)
ДНК
Урацил Уридин
(U)
Уридиловая кислота
(UMP)
РНК
Deoxyribonucleic Acid (DNA)
• Double-stranded helical molecule found in
the nucleus of the cell
• Replicates itself before the cell divides,
ensuring genetic continuity
• Provides instructions for protein synthesis
Нуклеотид
Сахаро-
Фосфатный
«остов»
Полимерная
структура ДНК
Вторичная структура ДНК
•Предпосылки:
• Известна химическая структура ДНК
• Правила Чаргаффа:
• - препараты ДНК из разных тканей одного вида
имеют одинаковый нуклеотидный состав;
• - нуклеотидный состав ДНК у разных видов
различен и не меняется ни с возрастом, ни с
изменениями условий среды;
• - в любой ДНК соотношение пуриновых
нуклеотидов к пиримидиновым близко к
единице:
• A+G = T+C
Рентгено-структурный анализ волокон ДНК
Розалинд Франклин
No3 biohimiya makromolekuly
Нобелевская премия 1962 г.
Francis Harry Compton
Crick
James Dewey
Watson
Maurice Hugh Frederick
Wilkins
1/3 of the prize 1/3 of the prize 1/3 of the prize
United Kingdom USA
United Kingdom and New
Zealand
MRC Laboratory of Molecular
Biology
Cambridge, United Kingdom
Harvard University
Cambridge, MA,
USA
London University
London, United Kingdom
Постулаты Уотсона-Крика
• ДНК представляет собой правозакрученную двойную спираль
• Гидрофильный сахарофосфатный остов находится снаружи двойной спирали,
контактируя с водным окружением
• Фуранозное кольцо дезоксирибозы находится в С-2’-эндо-конформации
• Пуриновые и пиримидиновые основания обеих цепей расположены стопкой
внутри двойной спирали близко друг к другу и почти перпендикулярно оси
спирали
• На поверхности спирали можно выделить большую и малую бороздки
• Каждое основание одной цепи образует пару с основанием другой путем
образования водородных связей; А-Т – 2 связи, G-C – 3 связи. Образование
других пар дестабилизирует двойную спираль
• Цепи ДНК в двойной спирали антипараллельны
No3 biohimiya makromolekuly
Структура ДНК
Figure 2.22b
Ribonucleic Acid (RNA)
• Single-stranded molecule found in both
the nucleus and the cytoplasm of a cell
• Uses the nitrogenous base uracil instead
of thymine
• Three varieties of RNA: messenger RNA,
transfer RNA, and ribosomal RNA
Полимерная структура РНК
Уридинмонофосфат
Виды РНК прокариот
Матричные РНК (мРНК) –
короткоживущие посредники в процессе
переноса информации от ДНК к белку
• Рибосомные РНК (рРНК) – компонент
рибосом и рибонуклеопротеиновых
частиц
• Транспортные РНК (тРНК) – доставка
аминокислот к рибосомам
Виды РНК ЭУКАРИОТ
•Гетероядерные РНК– предшественники мРНК (mRNA)
•Рибосомные РНК (rRNA) –компонент рибосом
• Транспортные (tRNA) – переносят АК к месту синтеза
пептидной цепи
• Малые ядерные (snRNA) – компоненты сплайсосомы и
др.функции
• Малые ядрышковые РНК (snoRNA) – процессинг рРНК
и тРНК
• МикроРНК (miRNA) – регуляторная роль
•Малые интерферирующие РНК (siRNA),регуляторная
роль
Аденозинтрифосфат (АТФ)
• Source of
immediately
usable energy
for the cell
• Adenine-
containing RNA
nucleotide with
three phosphate
groups

More Related Content

PDF
бх лекция 6
PDF
бх лекция 13
PPTX
бх лекция 9
PDF
бх лекция 14
PDF
бх лекция 7
PDF
бх лекция 8
PPTX
бх лекция 12
PDF
бх лекция 5
бх лекция 6
бх лекция 13
бх лекция 9
бх лекция 14
бх лекция 7
бх лекция 8
бх лекция 12
бх лекция 5

What's hot (20)

PPT
белки
PPT
Обмен отдельных аминокислот
PPTX
бх лекция 10
PDF
бх лекция 4
PPTX
Синтез липидов
PPT
10 урок 2 химия клетки
PPTX
Окисление ВЖК и метаболизм кетоновых тел
PPTX
бх лекция 11
PPTX
Переваривание белков
PPTX
Обмен аминокислот и аммиака
PPT
No4 metabolizm
PPT
Лекция 7
PPT
Биохимия регуляции
PPTX
Метаболизм холестерина
PPT
Лекция_Витамины 3
PPT
Лекция.Переваривание липидов
PPTX
2 - Proteins
PPT
Биохимия нервной ткани
PPT
Переваривание углеводов
PPTX
Ферменты
белки
Обмен отдельных аминокислот
бх лекция 10
бх лекция 4
Синтез липидов
10 урок 2 химия клетки
Окисление ВЖК и метаболизм кетоновых тел
бх лекция 11
Переваривание белков
Обмен аминокислот и аммиака
No4 metabolizm
Лекция 7
Биохимия регуляции
Метаболизм холестерина
Лекция_Витамины 3
Лекция.Переваривание липидов
2 - Proteins
Биохимия нервной ткани
Переваривание углеводов
Ферменты
Ad

Similar to No3 biohimiya makromolekuly (20)

PPS
молекулярный уровень жизни
PPT
Биополимеры
PPT
Презентация белки
PPTX
3. орг вещества клетки белки нк
PDF
Obschaya biologia
PPTX
белки свойства и функции
DOC
химический состав организмов
PPTX
белки свойства и функции
PPTX
белки и аминокислоты
PPTX
Aминокислоты и белки
PPT
DNA RNA Structure Ru
PPT
Заняття 10. Нуклеопротеїны. Структура та функції нуклеїнових кислот - презент...
PPT
Заняття 10. Нуклеопротеїны. Структура та функції нуклеїнових кислот - презент...
PPTX
Aminoacids аминокислоты и белки
PPT
Биохимия: 01. Введение в биохимию. Аминокислоты
PPT
104311.ppt
PPTX
органические вещества. уровни жизни
PPT
аминокислоты Reaviz2016
PPT
Структура белков и аминокислот
PPTX
Reaviz sintez belka синтез белка2
молекулярный уровень жизни
Биополимеры
Презентация белки
3. орг вещества клетки белки нк
Obschaya biologia
белки свойства и функции
химический состав организмов
белки свойства и функции
белки и аминокислоты
Aминокислоты и белки
DNA RNA Structure Ru
Заняття 10. Нуклеопротеїны. Структура та функції нуклеїнових кислот - презент...
Заняття 10. Нуклеопротеїны. Структура та функції нуклеїнових кислот - презент...
Aminoacids аминокислоты и белки
Биохимия: 01. Введение в биохимию. Аминокислоты
104311.ppt
органические вещества. уровни жизни
аминокислоты Reaviz2016
Структура белков и аминокислот
Reaviz sintez belka синтез белка2
Ad

More from BioinformaticsInstitute (20)

PPTX
PDF
Nanopores sequencing
PDF
A superglue for string comparison
PDF
Comparative Genomics and de Bruijn graphs
PDF
Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
PPTX
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
PDF
Knime & bioinformatics
PDF
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
PDF
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
PDF
Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)
PDF
Плюрипотентность 101
PDF
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
PPTX
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
PPT
Biodb 2011-everything
PPT
PPT
PPT
PPT
PPT
Nanopores sequencing
A superglue for string comparison
Comparative Genomics and de Bruijn graphs
Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
Knime & bioinformatics
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)
Плюрипотентность 101
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
Biodb 2011-everything

No3 biohimiya makromolekuly