Pathway解析のためのSPARQL wapper packageの作成
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第5回Linked Open Dataハッカソン関西
Pathway解析のためのSPARQL wapper packageの作成
- 1. Pathway解析のためのSPARQL wapper packageの作成 第5回Linked Open Dataハッカソン関西 西田孝三(@kozo2)
- 2. Pathwayとは • 代謝反応network • タンパク間相互作用network • 遺伝子間の制御情報network • Biologistにとってのmapはこのpathway map • Pathway databaseのRDF endpoint – http://www.genome.jp/sparql/reactionontology/ – http://sparql.wikipathways.org
- 3. linked open dataを用いたinnovationに 必要なもの • RDF endpoint – 発展途上ではあるができつつある – 追加、統合は容易 • Killer application – Text mining – 実験dataをinputとして散在するpathwayのlinked open dataを統合、参照し実験者が知りたい情報 に応じたoutputを生成(可視化)
- 5. 具体的に行うべきこと • data統合、query、可視化のためのpipelineの 作成 • 全てを一気通貫で行うSPARQLは書けない • Pipelineのpartsとなるmoduleが必要 • これらのmoduleを(SPARQLをwrapする形で)作 り公開し、継続して洗練していく • Pipelineもmoduleの様々な組み合わせを公開 し洗練していく
- 6. Hackathonで行ったこと • PIERO reaction ontology (http://reactionontology.org/) のexampleの wrap – https://github.com/kozo2/PIEROutil • 頻出SPARQL queryをR言語でwrap – hoge <- getReactSameTrans("kegg:R02110") – 反応ID R02110と同じTransformationを持つ Reactionの取得
- 7. 今後 • PIEROutilの洗練、CRANなどへのsubmit、 Python版の作成 • PIEROutilを用いたpipelineのRPubs(もしくは nbviewer)への公開 • Pipelineのweb application化