CESM1_2_2移植笔记

本文详细记录了将CESM1_2_2移植到CentOS虚拟机的过程,包括安装hdf5、netcdf-c、netcdf-fortran遇到的问题及解决方案,如h5import错误、test_filter.sh失败、nf03_test失败等,并提到了在build和run阶段的常见问题和解决方法。

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把cesm移植到了自己的centos虚拟机里,比赛结束会抽空写一个尽可能详细的cesm1_2_2的移植攻略。

源码安装 curl(7.64) m4(1.4.18) zlib(1.2.8) hdf5(1.8.13)

一、安装hdf5过程中的问题

ERROR : h5import:no such file or directory
参考:https://forum.hdfgroup.org/t/h5import-test-fail/2906

The reasons of the failures you saw is because h5dump is arranged to be
built AFTER h5import. When you did “make check” directly, the h5dump
that was needed by the H5IMPORT test was not built yet, resulting in the
no such file failure.

看起来是个1.8版本中的bug,需要先make产生h5import目录,再make check

二. 安装netcdf-c(4.6.2)过程中的问题

1. FAIL: test_filter.sh

解决:
configure时添加:
--disable-filter-testing

2. 设置的LD_LIBRARY_PATH无效

参考:

### 安装CESM 1.2.2 #### 准备工作 为了顺利安装社区地球系统模型(CESM)版本1.2.2,需先准备好必要的环境和工具。确保计算机上已配置好Linux操作系统,并拥有root权限以便于后续操作。 #### 下载源码包 访问官方提供的链接获取指定版本的源代码文件[^3]。具体而言,可以从CESM官方网站找到对应版本的下载页面并按照指示完成下载过程。 #### 配置编译器与依赖项 在开始构建之前,确认已经正确设置了Fortran以及C/C++编译器路径;同时还需要额外准备一些第三方库来支持程序正常运作,比如NetCDF等科学计算常用接口[^5]。对于NetCDF库的要求是至少4.3.3.1及以上版本,并且要分别独立安装其对应的FORTRAN和C语言实现部分。 #### 编辑配置脚本 进入解压后的目录结构内定位到`./configure`命令所在位置,在执行该指令前可能需要依据实际情况调整某些参数选项以适应本地硬件条件或特定需求场景下的优化设置。 #### 执行编译流程 通过调用`./build`或者相似命名方式启动整个项目的组装工序,期间可能会经历较长时间等待直至全部组件都被妥善处理完毕为止。如果中途遭遇错误提示,则应仔细阅读报错信息尝试解决问题后再继续前进。 #### 测试验证成果 当一切就绪之后便可以着手检验新搭建起来的应用实例能否稳定发挥作用了——即运行几个简单的测试案例看看输出结果是否符合预期标准即可证明此次部署工作的成败得失。 ```bash # 假设当前位于cesm1_2_2根目录下 cd scripts ./create_newcase -case my_cesm_run \ -res f09_f09_mg17 \ -compset X \ -mach your_machine_name_here cd my_cesm_run ./xmlchange RUN_TYPE=startup ./case.build qsub runscript ```
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